大结局：罪恶终于被铲除，有情人却无法再见
吴正焕在白夜村惨案前的履历一片空白。这是因为在那之前，他其实是财团大老板池英根。经过曹贤熙那样的实验，保持了比较年轻的状态，假扮了吴正焕。
吴正焕要姜润城干掉杜正宇，杜正宇却反手放倒了姜润城，跟一号打手一起擒住吴正焕，带他上车离开。在车上吴正焕要杜正宇给自己吃药，说是一种神经镇定剂。杜正宇却告诉他，忍着。
孔一道和曹贤熙那孙旻虎做实验，不管他怎么叫骂，还是给他增大剂量，结果却造成孙旻虎死亡。孔一道怀疑杜正宇给的公式是假的，曹贤熙却反说公式是真的。
杜正宇和一号打手把吴正焕带到药厂老头那里，在吴正焕身上搜出白夜财团出入证，还有那瓶神经镇定剂。这时候吴正焕手机响了，曹贤熙向他报告孙旻虎死亡。还说这样一来，她的儿子还需要杜正宇的血清。吴正焕语气慌张地说还有事，挂断了电话。曹贤熙立刻判断“阁下”可能出事了。
杜正宇发现吴正焕身上出现疤痕，判断是实验室使用的公式不完整，导致吴正焕不得不吃那种所谓的神经镇定剂。他逼问吴正焕这是什么药。吴正焕说不吃药的话，自己就会慢慢老死。
杰米被几个士兵模样的人抓走，蒙头带到秘密研究所的牢笼，见到了妈妈曹贤熙。曹贤熙给她注射针剂，杰米昏倒。
杜正宇收到了曹贤熙发来的杰米别绑架的图片，曹贤熙想把杜正宇引到研究所，因为只有杜正宇的血清可以做实验，他也是公式的一部分。
孔慧媛带张志苑和尹硕弼来到药厂老头这里，见到了杜正宇他们。大家决定一起去秘密研究所。
接到杜正宇的信息，给了他白夜财团相关的资料，还要要他去一个地方，那就是秘密研究所。李志旭只身前往。
杜正宇他们兵分三路。杜正宇和孔慧媛集一号打手带着吴正焕来到秘密研究所外面，杜正宇那吴正焕的药留在车上，带吴正焕走进研究所。
这时候张志苑把情况向黄炳哲和女部长报告，黄炳哲带警察出发。
一号打手在秘密研究所外面的过道安放炸弹。杜正宇他们和吴正焕进入研究所内部，里面站着荷枪实弹的士兵，还有曹贤熙和孔一道。曹贤熙带出杰米，要杜正宇交出血清。
杜正宇同意给血清。吴正焕这时又想吃药，杜正宇却说忘在车上了。曹贤熙也劝吴正焕忍一忍，吴正焕大发脾气。孔慧媛乘人们都注意吴正焕的时候，按照杜正宇事前的吩咐，把一个U盘插入实验室的电脑系统，读取其中的数据。
而这时文在雄和尹硕弼一起，在另一个地方开始接收孔慧媛U盘发过来的数据。
按照杜正宇之前的设计，文在雄他们将删除秘密研究所的全部服务器数据，然后他将引爆炸弹，摧毁实验室。但删除数据后到炸弹爆炸，只有五分钟时间。
黄炳哲、女部长、张志苑等包围了秘密研究所。李志旭也赶到了。警察处于待命状态。
研究所内，孔一道用杜正宇的血清进行着实验，制成针剂。吴正焕衰老的状态则越来越明显。
针剂制成了，吴正焕他们正高兴，杜正宇却说那是真的吗？真的是可以让人永生的药物吗？或者是用了会死的药物，我也不知道。那个公式并没有被证明过。
曹贤熙说自己青春还在就是证明，杜正宇却撸起她的袖子，看到衰老的肌肤说，不过是时间快慢的问题，总有一天还是会老死的。
吴正焕也不能不怀疑了，曹贤熙忙让孔一道去拿别的血清，跟杜正宇的做比较。杜正宇却又提醒吴正焕，用药的时间到了，不如用针剂直接测试一下。
吴正焕犹豫，曹贤熙却想给他注射。这时候吴正焕却不想当实验品了，急忙离开研究所去找药，正好撞上黄炳哲他们。吴正焕不顾一切上车拿药，却发现药瓶里没有药片。时间到了，他迅速衰朽成一个老人。
这时文在雄和尹硕弼删除了研究所全部数据，炸弹倒计时启动。
曹贤熙要把新针剂给自己注射，杜正宇这时急忙喊停，问她你对你做过的事没有后悔过吗？曹贤熙说为什么要后悔？杜正宇再问，即便是你的儿女做实验品也是这样吗？曹贤熙疯狂地说，是的。你就是为此而出生的，我的怪物。杜正宇听后在痛苦中发病，曹贤熙欣喜地说这是实验的副作用。
但她没想到，发病后的杜正宇，爆发出让她都害怕的超级能量。他体内的另一种人格，或者说一直深藏，被杜正宇压制住的那个怪物，终于占据了上风，要杀光所有人。就像当年在白夜村那样。
曹贤熙想让士兵抓怪物，士兵的武器却仿佛自己掉落在地上，杜正宇看似不动手，却让对面的士兵好像被人掐住了咽喉。曹贤熙想偷袭式地给怪物注射，却根本靠近不了他。
怪物念叨着本剧开始时少年杜正宇不知道白昼还是黑夜的那些话，孔慧媛挡在他面前，一样被他掐住喉咙。直到杰米叫喊着哥哥不要这样，怪物才缓醒过来，体内的杜正宇与怪物交战着，周围的电器在他们的作用下开始爆炸。另一个房间的孔一道也被电击倒。
重新控制了身体的杜正宇，要其他人赶紧去救人，救被当成实验品的孩子。
孔慧媛救起孔一道，一号打手救出仅剩的两个孩子，奔向研究所外面。杜正宇带着杰米也向外跑。到了门口却自己留下，对她说希望你不再痛苦能够幸福，然后关上了门。杰米和孔慧媛叫他一起走，杜正宇却头也不回走回去。一号打手将杰米和孔慧媛拽走。
他们和其他人到了外面，黄炳哲、张志苑问杜正宇在哪儿？
实验室内，曹贤熙还想完成实验，执迷不悟，给自己注射了针剂。但那是针剂是有毒的，杜正宇告诉他，只有咱们俩消失了，悲剧才会停止。
计时到了，实验室爆炸。一切的罪孽灰飞烟灭。
孔一道、文在雄受到法律惩罚，与白夜财团相关的人也都落网。
杰米返回了美国，孔慧媛送她，心里却还在疑惑，杜正宇和曹贤熙为什么在爆炸现场一点痕迹都没留下。
偶然的机会，孔慧媛发现药厂老头丁顺久开着一辆旧的救护车。她心中生疑，查看也研究所外的监控，发现爆炸当晚，这辆救护车出现在研究所外面。她又凭着救护车上的一张进入高速路丽水入口的收费收据，让李志旭前往丽水那边。
三个月后，孔慧媛升职队长。李志旭来告诉她，查到了丁顺久救护车的监控，丁顺久还上了去一座岛上的船，但全程只有这老头一个人。但有人说在岛上见过杜正宇，一位里长说三更半夜有人去他家，要找岛上的空房子，他描述的那人样貌就是杜正宇，杜正宇身上还背着一个四肢不能动的女人。那女人对里长表示过想死。
李志旭当时来到那幢房子，没有看到人。孔慧媛猜想，那女人就是曹贤熙，杜正宇养着她这位妈妈，同时让她承受生不如死的痛苦，作为惩罚。
又出案子了，孔慧媛带张志苑、尹硕弼前往办案，嫌犯当街劫持了人质，结果头上方的路牌突然掉落，将嫌犯砸晕。孔慧媛这时忽然发现人群里一个背影很像杜正宇，她追过去，但那人已消失不见。当孔慧媛失望离去，那人却拿出一根杜正宇最喜欢的棒棒糖吃起来。他是杜正宇吗？
