1.离合器分离不彻底的，离合器是指传递和切断发动机传输给变速箱的动力，有了它，摩托车的换挡过程才会变得顺畅，如果不匹配或者磨合不彻底，那么摩托车就会变得换挡不顺畅，毕竟离合器和档位是一对。
解决方法：到专业的维修店修理离合器。
2.离合器侧齿轮自锁力过大，进出齿轮困难，挂挡的时候不顺畅。
解决方法：自行去维修店找专业人士调节一下离合拉线和挡位止锁。
3.变速器主要由变速鼓，拨叉，主副轴，变速齿轮，五型齿，变速轴等组成，如果以上任何一个部件出现磨损，都会引起换挡困难。
解决方法：去维修店更换损坏的零件即可。
4.处于磨合期内，车内件还未达到协调状态。
解决方法：需要及时去4s店或者是汽修厂进行保养修复。
5、变速箱生锈，离合器不能正常动作。
解决方法：去维修店除去变速箱的锈。
6、换挡时档位回正不良，使档位不能按正常轨迹换挡。
解决方法：养成良好的驾车习惯。
摩托车的工作有动力、传动、转向、电气等分好几个系统，从你描述的情况来看，一般是在发动机这边的原因。其他的原因有可能造成停机、异响等情况。
发动机分为好几个系统，主要有油路、电路，还有配气系统，几个系统互相配合，支持发动机正常工件，不管其中哪一个环节出现了问题都会造成发动机故障。
你所说的摩托车在加速到底，在向前跑的时候会一顿一顿的，我估计有以下几个原因：
1、有档位的摩托车，如果档位和油门配合不好，档位挂的太高会造成动力输出不足，就会一顿一顿的，俗称拖档。这时降低档位运行就可以了。
2、供油问题，油箱盖或汽油过滤器有点堵塞，但不厉害，造成在大油门的时候供油不顺畅，
3、化油器问题，化油器如果出现轻微堵塞，也会造成供油不顺畅，这时清洗化油器一般也会解决这个问题。
4、电路问题，检查下火花塞看看积炭多不多，积炭多的话这个有可能是化油器的混合器太浓了，造成混合汽燃烧不完全，要调整化油器的混合汽的比例，将积炭刮掉。
5、检查火花塞的两个电极之间的间隙，电极的间隙太大的话，造成火花塞跳火困难，也不能太小，一般在0.75mm~1mm左右，可以用身份证或银行卡插进去试试看，有点阻力就行，太大或太小就要调整了。
6、看看空气滤清器有没有堵塞，空气过滤器堵塞会造成供气不足，供气不足会导致混合汽过浓，造成不完全燃烧而导致发动机无力，堵塞的话更换空气过滤器或吹干净滤芯。
建议如果是处在灰尘较多的环境，要经常清理空气过滤器和油箱盖、更换汽油过滤器。
