(1)农村生活污水处理任然存在运行保障机制不健全问题。对污水处理经费未纳入财政预算，运维保障机制不健全;还未建立农村污水设施运行管理办法;污水处理运行人员普遍缺乏操作专业知识。
(2)污水处理设施建设管控力度不够。设施建设规划用地未及时提供，建设用地、建设资金不足导致工程延期。
(3)目前已建成污水处理设施运行效率低，甚至部分处于停运状态、农村污水处理厂的污水排放基本都达不到一级A标准。
(4)规划设计与农村实际脱节。处理能力、管网建设与实际不匹配;污水收集管网雨污未分流;选用污水处理方式不适宜。
(5)由于南北方气候原因，加上现在美丽乡村建设，村级环境提升，道路硬化，大部分污水收集管网建设比较困难且投资大，来水不稳定。设计标准与实际出入比较大，厂站运行不正常，水质不达标，大部分厂站运行无法排放容易形成新的污染源。
1.厕改后，厕排污水何处去成新问题。水冲式卫生厕所建成后，污水往哪排困扰村民。对于如何处理化粪池污水，大部分村民表示仍跟以往一样，找专人抽取。“粪污也没合适的地方处理，只好往远离村庄的农田和沟渠里倒。
2.在城镇近郊农村，污水收集管网“最后一公里”瓶颈仍未突破。许多农村家庭基本已自发完成水冲式厕所建设。部分地区污水收集的“主管网”已基本成型，然而从主管道延伸至农户家的“毛细管网”尚未建立，导致农户家污水仍然直排河涌，污染环境。
3.在离城区稍远的农村，污水处置设施存在“重建设轻运营”现象。由于运维经费来源不足，没有财力聘请专业人士开展污水处理设施的管理与维护。
