我国监狱目前基本上都是以省为单位垂直管理（原来有的省由地、市司法局管理，现在都逐步集中上收到省监狱局管理）。即由省司法厅（直辖市为司法局）所属的监狱管理局（副厅级编制）具体管理本省的监狱工作，省监狱管理局局长一般由司法厅党委成员担任。
各监狱在省监狱管理局直接领导下，实行监狱党委领导下的监狱长和政委分工负责制。监狱党委一般由监狱长、政委、副监狱长、副政委若干人、纪委书记、政治处主任和具体负责监狱生产劳动业务的公司总经理等人员组成。监狱党委书记一般由监狱长兼任，是所在监狱的第一责任人，也就是人们平常所说的一把手！监狱长和政委一般都是正处级，其他党委成员为副处级，也有的大型监狱的监狱长和政委是高配副厅级的。
为保证监狱内部各项工作统一协调运作，监狱设有若干科室和监区。科室主要有纪委（监察室）、政治处、办公室、审计科、财务（装备）科、工会、老干科、狱政科、狱侦科、刑罚执行科、教育科、生活卫生科、劳动改造（生产安全）科、、信息化管理科、指挥中心、机关事务（行政）科。监区主要包括若干个生产劳动监区和功能性监区，功能性监区具体指：特警大队、入监、病残、伙房、禁闭室、严管等单位，这些单位为监狱其他单位提供服务，不承担对外生产任务。
监狱公司同时受监狱党委和省局集团公司双重领导，内设总经理办公室、生产经营部、人力资源部、财务部等部门，具体管理监狱对外生产业务，其财务也是独立的，对外加工收入全部进入公司账户，由省局集团公司考核，所以说监狱不存在用服刑人员创造的收入发奖金的情况，外面的人议论这件事情实际上是不了解监狱体制改革后的运行模式。
按照党组织的领导形式，监狱党委下设若干个党（总支）支部，监狱机关若干个科室组成一个党（总支）支部，每个监区为一个党支部，由监区长、教导员分别任支部书记、副书记、监区其他副职领导任支部委员，党委成员和支部委员一般为单数，主要是方便按照民主集中制原则少数服从多数好表决。
一个监狱看起来很大，事情也很多，但因为职责分工明确，各部门相互合作，即使遇到突发事件因为有预案，处理起来也是井井有条的。
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