述探险队成员胡八一和卫生员杨萍深入昆仑山腹地,为逼近九层妖塔的秘密而展开的一场奇幻冒险之旅。后来发现了杨加林教授隐藏的秘密,也就是一万年前后羿与外星鬼族的战争,当年地球人完全被先进的鬼族统治成为奴隶,而后羿带领最后的殊死反击;
牺牲自身将外星传送塔(日后传说的九层妖塔)封印击败鬼族,其首领和主力军都逃出地球,但残存鬼族与人类交配后取得了人形隐藏在民间,伺机解除封印重振统治并迎回鬼族大军,但人形化的鬼族约40岁时就会自焚死亡。
而知情的后羿一族后代也隐藏身份在无数朝代中秘密行动成立守墓人组织,破解阴谋,同时守护后羿墓(实为一台外星医疗仪,可让人起死回生)万一九层妖塔封印解除,后羿魂魄回归时能让其复活重新带领人类战斗。
而中华人民共和国政府成立后综合各地消息发现了隐藏的诸多怪事,成立秘密机构749局开始调查超自然现象,成为第三势力。
杨加林教授之妻就是鬼族,后自焚而死,不久后他发现女儿杨萍也遗传到鬼族基因,为救其不死不惜解除妖塔封印,历经寻找找到了后羿的血统的后代胡八一,其基因可以解开封印,遂诱使其和杨萍一起走入塔,寻塔过程中十几位探险队员死亡,但封印解除过程被连长孙全福破坏,原来孙是守墓人组织密探。
未完成的仪式还是唤起了地球上残留的鬼族怪兽,怪兽大举来袭时杨加林和杨萍都落水失踪。胡八一唯一受伤侥幸生还,三年后伤好被调往北京任闲职,但途中被图书馆王馆长骗去当馆员,而未去真实分发单位,其实图书馆是守墓人总部,意图将胡八一看管。
怪异的是杨加林和杨萍之后分别从不相关的古墓中被749局发现并生还,之后发生新疆某石油小镇被怪兽灭镇屠杀事件,杨加林声称只有自己能查明真相,却消失在沙漠。
杨萍重寻回胡八一与749局组队前往寻找,但其实当年这两人都已经死亡,被鬼族怪兽带往妖塔看守者处,外星看守者附身有外星血统的杨萍藉以离开妖塔行动,同时原本就想解除封印的杨加林也被治好留活口,两人成为鬼族的操纵棋子……