穗莞深城际轨道沿线将设立15个站点,而广州至东莞之间将设立新塘、中堂、望牛墩(莞惠线、穗莞深共用站)4座高架车站。
其中增城新塘站将与未来广州的地铁13号线、16号线连接换乘。
分别设置:新塘站、中堂站、望牛墩站、望洪站(东莞西站)、洪梅站、沙田站、厚街站、虎门火车站、虎门商贸城站、长安厦边站、长安金沙站、海上田园站、和平站、宝安机场北站、宝安机场东站等15个站。
穗莞深城际铁路站点设置 广州市新塘站东莞市中堂站、望牛墩站、东莞西站、洪梅站、沙田站、厚街站、虎门火车站、虎门商贸城站、长安厦边站、长安金沙站深圳市海上田园站、和平站、宝安机场北站、宝安机场东站