校本部在四川雅安市。
有雅安校区（雨城区新康路46号）、成都校区（温江区惠民路211号）、都江堰校区（都江堰市建设路288号）。
四川农业大学是1906年在成都厚载门内宝川局右侧仓库内成立的四川通省农业学堂，于1906年6月1日先行开学，9月12日正式举行开学典礼。1950年9月，国立四川大学正式改称四川大学。
1956年经国务院批准，四川大学农学院从成都迁往雅安独立建校，命名为四川农学院。
1956年9月5日四川农学院在雅安举行成立大会。
1985年经四川省人民政府批准，学校更名为四川农业大学。
1999年6月14日，国家发展计划委员会批复，同意四川农业大学作为“211工程”项目院校。
2001年4月，原四川省林业学校整体并入四川农大，成为川农大都江堰分校。
成都校区前身是1988年经四川省人民政府批准成立的四川农业大学水稻研究所。
1990年12月，水稻研究所从雅安迁到温江。
2005年，学校决定以水稻研究所为基础，集中学校最具优势的学科，建立四川农业大学成都科学研究院。
2010年7月，学校撤销成都科学研究院，成立四川农业大学成都校区。
2010年10月10日，成都校区正式启用。
