暗河主要写的是以梁四海为首的跨境贩卖儿童组织与警察局副局长邢致森之间的恩怨报复。邢致森因调查该组织而遭到对方恐吓及报复，将其女儿邢娜砍下四肢残忍杀害。
邢致森急怒，身为副局长的他知道该组织能量巨大，只手遮天，通过法律手段并不能解决问题，于是私派手下丁树成卧底该团伙打探消息，想私下报仇。后得到该线人情报于城湾宾馆去枪杀罪犯，不料丁树成早已牺牲，情报是人贩子精心设的局，邢致森失手杀人，踉跄入狱。但是他并没有把事情的真相告诉任何人，除了方木。因为他知道对方实力之强大，以及背后涉及的zf高层人员居多，若胡乱抖出来，只会瞬间被对方狗急跳墙直接弄死。
方木作为邢致森的老朋友，在极其严峻的形势下，众人都唯恐避之不及的情况下毅然坚守内心正义，孤身一人暗中调查该组织，最终查到了该人贩组织的一个中转地S市陆家村！人贩子将拐卖来的儿童暂存于陆家村背后的龙坳沟里，也就是那条暗河。陆家村几乎与世隔绝，全村人以村长陆长天为首，村长儿子陆大春为其帮凶，同时为村民提供衣食家用品，农民不用干活，只需答应此生不出该村。
肖望是S市一名刑警，身材高大为人热情豪爽，身手敏捷，但其同时是梁四海安插在警局的卧底。起初与方木关系非常亲近，后背叛。 郑霖，刑致森的老部下，在大家都避开邢致森的时候，除了方木外。就剩下郑霖和他的两个手下阿海和小湛。三人有勇无谋，期间为帮老刑甚至伪造证据。后因在聚源钢厂和人贩子枪战中，为救被贩卖的小孩和方木，三人于钢包模具中被1500度的钢水浇筑于钢锭中！
