食品微生物检测的检测流程主要分为采集样品、样品送检、样品处理、检验、结果报告五项。
1、采集样品
采样前要了解所采样品的来源、加工、储藏、包装、运输等情况，采样时须做到：使用的器械和容器需经灭菌，严格进行无菌操作；不得加防腐剂；液体样品应搅拌均匀后才去采样，固体样品应在不同部位采取以使样品具代表性；取样后及时送检。
2、样品送检
采集好的样品应及时送到食品微生物检验室，一般不应超过3h，如果路程较远，可将不需冷冻的样品保持在1～5℃的环境中，勿使冻结，以免细菌遭受破坏。样品送检时，须认真填写申请单，以供检验人员参考。检验人员接到送检单后，应立即登记，填写序号，并按检验要求，立即将样品放在冰箱或冰盒中，并积极准备条件进行检验。
3、样品处理
样品处理应在无菌室内进行，若是冷冻样品必须事先在原容器中解冻，解冻温度为2～5℃不超过18h或45℃不超过15min。
a.固体样品
用无菌刀、剪或镊子称取不同部位的样品，剪碎放入灭菌容器内，加一定量的水混匀，制成1: 10混悬液，进行检验。在处理蛋制品时，加入约30个玻璃球，以便震荡均匀。生肉及内脏，先进行表面消毒，再剪去表面样品，采集深层样品。
b.液体样品
原包装样品用点燃的酒精棉球消毒瓶口，再用经石炭酸或来苏儿消毒液消过毒的纱布将瓶口盖住，用经火焰消毒的开关器开启。摇匀后用无菌吸管吸取；含有二氧化碳的液体食品，按上述方法开启瓶盖后，将样品倒入无菌磨口瓶中，盖上消毒纱布，将盖开一小缝，轻轻摇动，使气体逸出后进行检验；将冷冻食品放入无菌容器内，融化后检验。
4、检验
每种指标都有一种或几种检验方法，可根据不同的食品、不同目的来选择恰当的检验方法。通常所用的常规检验方法为现行国家标准，或国际标准，(如FAO标准、WHO标准等)，或食品进口国的标准(如美国FDA标准、日本厚生省标准、欧共体标准等)。
食品卫生微生物检验室接到检验申请单，应立即登记，填写试验序号，并按检验要求立即将样品放在冰箱或冰盒中，积极准备条件进行检验。
一般阳性样品发出后3d(特殊情况可适当延长)方能处理样品；进口食品的阳性样品，需保存6个月方能处理。阴性样品可及时处理。
5、结果报告
样品检验完毕后，检验人员应及时填写报告单，签名后送主管人核实签字，加盖单位印章，以示生效，并立即交给食品卫生监督人员处理。
