1、文件系统类型的区别：FAT32 文件系统，FAT32使用4个字节（也就是32位）的空间来表示每个扇区（Sector）配置文件的情形，故称之为FAT32，其分区容量下限是 512MB，不同操作系统的上限不同；exFAT 文件系统是Microsoft在Windows Embeded 5.0以上（包括Windows CE 5.0、6.0、Windows Mobile5、6、6.1）中引入的一种适合于闪存的文件系统，解决了FAT系统的存储格式，也没有采用NTFS分区的【日志式】文件系统，比较适合闪存保存截止使用。
2、单个文件容量的区别：大多数优盘在格式化时选用FAT32为默认文件系统，但文件大小上限为4GB；exFAT单文件大小最大理论容量可达16EB，相当于16×1024×1024TB；同一目录下最大文件数可达2,796,202个。
区别主要有以下几点：
文件大小限制不同：FAT32文件格式在Windows平台上的文件系统，单个文件最大限制为4GB；而exFAT文件格式没有这种限制，可以存储大于4GB的单文件。
应用范围不同：FAT32格式是早期Windows系统的传统文件格式，能够适应于较高的版本Windows系统，通常我们平时所用的U盘、移动硬盘等设备都是FAT32文件系统格式化的；而exFAT文件格式是专门为闪存存储设备设计的，适合于大容量U盘等设备使用。
安全性不同：FAT32文件格式由于其产生较早，因此不支持对未使用的磁盘空间进行加密，文件读取时不需要进行解密；而exFAT文件格式支持对未使用的磁盘空间进行加密，这样可以有效防止文件被非法读取。
总的来说，根据不同的使用场景和需求，可以选择不同的文件系统格式来使用。
