1、两者审计的内容广度不一样
常规审计审计的范围很广，所涉及的部门、人员、资源都比较庞大，只要是企业内部所涉及的东西都要进行审计；
专项审计就是单独的去审计某个部门、某项业务、或者某个行业，他是比较单一的审计，不用去注意除了它以外的内容。
2、两者审计的作用不一样
常规审计是从宏观出发，对各项重要内容和环节展开审计，它的作用是有效的控制风险的加剧和发生，可以通过常规的审计去了解公司整体的经营状况。
专项审计就有点像挖井，一点一点往深挖掘，审查深入到这个业务的内部，去发现是否存在问题。一般性都会有详细的问题披露，或者调整建议。
3、两者审计的结果不一样
常规审计的结果可能涉及多个方面，并且是概括来说，有可能并没有很细致的指出具体的问题。
专项审计只对一个方面做出详细的问题阐述，找出问题出现的原因，以及问题的具体处理办法。
复杂点来说，专项审计调查，是指审计机关主要通过审计方法，对与国家财政收支有关或者本级人民政府交办的特定事项，向有关地方、部门、单位进行的专门调查活动。专项审计是对某个具体项目的审计，其他的不涉及。
专项审计调查与专项审计在目的、程序、对象、要求、作用等方面具有各自的特点。二者虽然都是审计法赋予审计机关的职责，但在一些具体方面是有所区别的。
从目的看，二者是相同的，都是为国民经济的宏观正常运转服务。即从微观入手为宏观服务，但就专项审计的目的而言，主要是对某个单位或行业财政财务收支的真实、合法、效益性的确认和评价。而审计调查的目的是针对经济生活中存在的突出问题或对一些方针政策的实施情况开展有针对性的调查，目的性更强。
从程序看，专项审计调查是以审计为基本手段的调查，这是与其他行业调查的区别所在。审计的规范、准则同样适用于审计调查。但毕竟调查不是审计，在程序上是有区别的。审计署关于审计调查的准则规定，调查可征求意见，出具调查报告，相比专项审计的审计报告需要征求被审计单位意见，出具意见书、决定书的规定来说，程序上简化一些，有利于提高工作效率。如一是在通知书方面。专项审计调查通知书在实施审计调查前送达被调查单位即可，没有提前3日送达的要求。二是在报告征求意见方面。专项审计调查组可根据工作需要决定，可以向或不向被调查单位征求意见。三是在审计机关报送专项审计调查报告。经审计机关审定后，再向本级人民政府和上级审计机关报告审计调查结果。无须向被调查单位出具审计意见书和审计决定书。
从工作内容、对象范围看，专项审计是审计机关依法对被审单位的财政财务的真实、合法、效益情况进行审计监督，工作内容比较单一，而专项审计调查，则是对国家财政财务收支有关的或本级政府交办的特定事项进行专门调查，对与国民经济健康运行息息相关的宏观问题进行观察、分析、判断，并提出建设性意见和建议，涉及的面比较广。专项审计的对象通常是一个单位或个人，涉及的对象范围比较窄，具有明显的微观性。专项审计调查客观上要求有一定的量和面，可同时针对全行业或不同法人单位就拟定的内容开展调查，对象范围要广，具有较强的宏观性。如《审计法》第27条规定，专项审计调查不仅可以针对有关地方、部门进行，灵活性较强。
从对审计人员的要求看，经过多年的积累和规范，专项审计有较固定的模式，对审计人员的要求主要集中在以财政财务知识为基础，对各项会计准则和审计准则的正确把握。而专项审计调查不仅要求审计人员有查账的知识，更侧重与调查内容相适应的管理知识、专业知识、政策水平，要了解国家的大政方针等等。写作水平相对要求高，调查报告不仅要揭示存在的问题，更要有问题的成因分析，要有调查结论和改进建议。
