清理鱼缸里的绿藻的最直接有效方法就是用鱼缸刷清洗鱼缸，使用除藻剂也是消除绿藻的处理方法，不过用绿藻剂的方法会对生态系统造成一定破坏。
鱼缸老是长绿藻，有可能是光线不均匀、阳光直射造成的，主人需要减少鱼缸的光照时间，并且日常生活中要勤换水。当鱼缸里的鱼数量多了也会造成绿藻繁殖速度快，可以适当的减少鱼的数量。
当鱼缸中的绿藻繁殖速度比较快时，如果主人要想快速清理掉绿藻，那么建议在绿藻生长成一定规模前就先清理掉，一旦绿藻进行了大量繁殖，再想清理就会麻烦很多。
一、人工清理：鱼缸中看到绿藻，最简单的方法就是人工清理。将鱼捞出放到别的地方暂养，然后用刮藻刀或软布将附生在缸壁和缸底的藻清除掉。需要注意的是，这种方式虽然快，但治标不治本，如果不注意预防，很快又会长出来。
二、食藻生物：如果觉得定期清理藻类很麻烦，可以养一些食藻的生物，最常见的就是清洁鱼，比如清道夫、金苔鼠等。除此之外，一些螺和虾也有吃藻的习性，不过将它们和鱼类混养的话，还是有一定风险的。
三、药物除藻：药物除藻一般很少用于家庭养鱼，因为用药还是很难控制用量的，所以对鱼儿的健康有一定风险。常用的除藻剂有两种，一种是戊二醛，另一种是硫酸铜，这两种都有不错的效果，但不能混用，否则会导致失效。
