1、冷藏保存
新鲜辣椒若能在短时间内吃完，只需要冷藏保存即可。将新鲜辣椒清洗干净，擦干水气，装进保鲜袋中密封，再放入冰箱中冷藏，可以保存1～2周。保存期间如有损伤，必须立刻取出，否则会影响其他好新鲜辣椒腐烂。
2、冷冻保存
新鲜辣椒若是有很多，短时间内吃不完，可以冷冻保存。将新鲜辣椒清洗干净，切块后冷冻保存，可以保存1个月左右。
3、水里保存
将新鲜辣椒装入塑料袋里面，再用牙签在塑料袋上扎上几个小洞。准备一盆干静的水，将辣椒放进水里面，将水盆放入通风处保存，可以保存一个月左右。如果袋子里面出现有水珠，可以将袋子打开通风。
4、装瓶保存
准备一个干净的玻璃瓶子，瓶子里面没有一滴水，将辣椒放进去，同时加入一勺盐，将玻璃瓶子放在干燥处的地方，可以保存一个月左右。
此外，若是有大量的新鲜辣椒，可以放于冷库保存：
1、库房要严格消毒用甲醛、过氧乙酸、漂白粉等熏蒸、喷洒，彻底消毒。
2、采收就近采收，选择病害少、长势旺盛的地块，要求辣椒果实饱满、质地坚实、果实完整、皮色黑亮，剔除劣果、病果。装筐或装箱，尽量避免运输中的碰撞、挤压。
3、浸药在杀菌保鲜剂中浸泡2—3分钟，以除去表面病菌和为辣椒提供保护层。晾干后，入库预冷。
4、预冷要彻底、迅速。
5、装袋将预冷完成后的辣椒装入辣椒保鲜袋内，每5-10公斤一袋，扎口。保鲜袋应选用透湿透气的PE袋，防止“出汗”和气体中毒(二氧化碳)，二氧化碳达到5%时应解口放风，放风时间1小时左右。
6、冷藏温度控制在8℃左右，选择温差0.5℃。
7、防霉贮藏期间要注意防霉，发现霉变现象，及时用保鲜烟雾剂熏杀。若措施得当、条件完备，辣椒可保鲜3-4个月。
因为现在的辣椒基本上都是在冷库中存放过的，所以买回来的辣椒最好是近期吃完，时间久了不但影响品质，还容易腐坏。
1、最直接的方法是冷冻保存法：购买回来后辣椒先擦拭表面污渍，切勿清洗，用剪刀去蒂，分数量装入保鲜袋内，稍微挤出空气后密封；放入冰箱内冷冻保存，一半可保鲜半年左右；
2、鲜辣椒晒干法：辣椒购买回来后，清洗去蒂后晾干，摊开到晾晒篦子上，放在太阳下自然晒干；晒干的辣椒蒸发出大多数的水分，辣味十足，且可密封保存一两年；
3、制作成辣椒酱法：新鲜辣椒洗净晾干，用料理机把辣椒和姜、蒜打碎混合搅拌均匀后，装入容器内密封保存；
