自己做的月饼馅料应该在密封的容器中保存在阴凉干燥的地方，最好放在冰箱中，以保持新鲜。如果馅料中含有蛋黄或其他易腐食材，应该尽快食用，不宜保存过久。通常来说，炒制好的月饼馅料可以保存1到2周左右，但具体时间取决于馅料的种类和保存条件。建议在使用前先闻一下馅料，如果有异味或变质迹象应立即丢弃。
自制月饼保存时间大致分为两种，一种软馅月饼保质期为7至10天，一种硬馅月饼保质期为30天左右。自制的月饼无任何的添加剂成分，可以放在冰箱冷藏，想要时间更久也可以冷冻，不过再食用时肯定会影响口感，建议自制的月饼5天内吃完。
自制的手工月饼馅料不同，保质期也各不相同。在25度的气温环境中，像杏仁、百果等馅心月饼可存放半个月左右，放在冰箱可以存1个月左右。豆沙、莲蓉、枣泥馅月饼则可保存7天，如果放冰箱也最多延长几天时间。气温达30度，不利于保存，最多5至7天。手工自制的冰皮月饼在常温下最多保质2小时，在冰箱里冷藏则保存时间较长些，由于个人做的月饼无添加剂，容易变质，最好3天至5天左右吃完。以免因储存不当，导致月饼变质变味。
