一、开设目的不同
1、基础医学院：开设基础学科，是现代医学的基础。基础医学是研究人的生命和疾病现象的本质及其规律的自然科学。其所研究的关于人体的健康与疾病的本质及其规律为其他所有应用医学所遵循。
2、临床医学院：实践性很强的应用科学专业，致力于培养具备基础医学、临床医学的基本理论和医疗预防的基本技能。
二、培养目标不同
1、基础医学院：培养具备自然科学、生命科学和医学科学基本理论知识和实验技能，能够在高等医学院校和医学科研机构等部门从事基础医学各学科的教学、科学研究及基础与临床相结合的医学实验研究工作的医学高级专门人才。
2、临床医学院：培养掌握一定的人文社科知识和相关自然科学基础、较扎实的基础医学理论和临床医学知识以及一定的预防医学知识、具有一定的临床思维能力和临床实践能力的临床医学专门人才。
三、要求不同
1、基础医学院：主要学习现代自然科学和生命科学、基础医学各 学科的基本理论知识，一般地掌握临床医学的基本知识，受到基础医学各学科实验技能基本训练，重点掌握几类基本的生物医学实验技术。
2、临床医学院：主要学习医学方面的基础理论和基本知识，受到人类疾病的诊断、治疗、预防方面的基本训练.具有对人类疾病的病因、发病机制作出分类鉴别的能力。
