身居宰相之位后，辅国安邦，对武则天弊政多所匡正；狄仁杰在上承贞观之治，下启开元盛世的武则天时代，作出了卓越的贡献。
天授二年（691年）九月，升任宰相，担任地官侍郎、同平章事。四个月后，为酷吏来俊臣诬以谋反，夺职下狱，贬为彭泽县令。营州之乱时，得到起复。
神功元年（697年），再度拜相，担任鸾台侍郎、同平章事，迁纳言。用于犯颜直谏，力劝武则天复立庐陵王李显为太子，培植举荐忠于唐朝的势力，成为大唐社稷得以延续的重要支柱。
狄仁杰初入官场，因为政绩斐然，得到工部尚书阎立本等高官的赏识，声名鹊起，唐高宗将其调到长安，担任大理寺丞。就是在大理寺丞的任上，狄仁杰断了不少案子，留下了“神探”影子。
唐高宗曾经想把一件案子轻罪重判，狄仁杰当廷力争，顶撞了唐高宗，唐高宗不但不予追究，反而欣赏其胆识，将其提升为纠察百官的侍御史。在侍御史任上，他又获得唐高宗的支持，扳倒了佞臣司农卿韦弘机、左司郎中王本立，被唐高宗提拔为度支郎中。
度支郎中是度支司的长官，度支司掌管政府预算开支，是户部最重要的机关之一。唐高宗把狄仁杰从并州法曹参军这样的地方小官，提拔为政府要害部门户部度支司的主管，知遇之恩不可谓不重。
按照春秋时代“士为知己者死”的伦理，狄仁杰应该竭忠尽智维护唐高宗和他子孙的天下。但是，在武则天废唐中宗、软禁唐睿宗、残杀李唐宗室甚至自己称帝的过程中。
世人没有看到狄仁杰有过反对的记录，而在这些事上提反对意见的人最后都死了。从这个角度看，说狄仁杰明哲保身、韬光养晦，似乎并不为过。
并非苛求狄仁杰，狄仁杰未必没有反对的勇气。以武朝恐怖的政治气氛和狄仁杰的智慧，他可以敏锐发现这时已经进入皇帝说一不二的年代。庶族出身的狄仁杰，并没有士族对包括皇帝在内所有非士族的那种天生的优越感，也没有士族的荣誉感、
他清醒看到社会上没有能够与皇权抗衡的力量，与皇帝在根本问题上作对不但不会成功，反而有可能引起皇帝对反对派的肆意屠杀，损伤国家和社会的元气。
他只好在自己的职权范围内做到公正廉明，尽量减少宫廷争斗对社会的损害。他不论是当职权很大的江南巡抚大使，还是当官低位卑的彭泽县令，都恪尽职守，尽量造福百姓。
这种“安天下不如与天下安”的思维，当然也能够舒缓社会矛盾，也可以造福一方，但总的来说不过是一种退而求其次的委曲求全之道。
