发酵工业起源很早，中国早在公元前22世纪就用发酵法酿酒，然后开始制酱、制醋、制腐乳等，但直到1857年才由法国学者巴斯德证明酒类等的发酵由微生物引起，1894年日本的高峰让吉首先利用米曲霉生产酶制剂作为消炎药，第二次世界大战期间青霉素投入使用
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