一、本质不同
1、小产权：所谓“小产权”，是人们普遍使用的一个术语。中国有关房地产的法律、法规和制度中没有这样的概念。
通常，所谓的小产权房屋主要是指两种类型：一种是经土地、规划、建设等有关部门批准后，在农村集体建设用地上建设城乡改造房屋；另一种是建设租赁土地或土地使用权。未经任何国家有关部门和联系部门批准，合法占用房子。
2、房产证：购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。
二、特点不同
1、小产权特点：
（1）从价格上看，小产权住宅价格仅为同一地点商品房价格的40%-60%。
（2）从住房形态看，同样是普通住房。
（3）从买卖手续看，商品房销售未缴纳契税。
（4）从使用成本看，物业成本较低，水电成本较低，供暖成本较低。
（5）从物业管理看，乡镇政府指定的开发商设立物业管理机构进行物业管理或没有物业管理时，服务管理水平不是很高。
2、房产证特点：
（1）房地产证须经房地产主管部门核发。
（2）财产证明是特定房屋所有权的书面证明，可以记载特定房屋的共同情况和担保权益是否设立。根据一物一权原则，房地产证书是基于一房一物的原则，即具有独立的建筑结构和使用功能（包括区分所有房屋）的房屋只有一个所有权，只有一个所有权区域。
房地产登记可以依法进行，并只能颁发一份房地产证书。
（3）房产证只能颁发给特定房屋的所有人，如房屋的共有权，除房屋所有权证外，也可以颁发给共有人。
（4）房地产证书，是登记机关在登记特定房屋权属后，向特定权利人签发的权属证书。房地产证书的内容应当与登记册的内容一致。
房产证和小产权的主要区别在于，通常所说的房产证是指具有国有产权可以上市进行交易和进行过户的房产，而小产权则是指在集体土地上所盖的房子或者是其他一些无法取得合法手续的房子，这样的房子是无法进行再次的过户转让，本身也会存在着一定的法律争议。
