如果农村自建房被认定为违建，根据我国相关法律法规，可以采取以下措施进行处理：
1. 停止建设：自建房在被认定为违建后，建房人应停止建设，不得继续施工。
2. 限期拆除：如果自建房违反了城乡规划法等相关法律法规，且无法采取改正措施消除对规划实施的影响，那么相关部门可以责令当事人限期拆除。
3. 没收实物或者违法收入：如果自建房是违法所得，或者是通过违法建设获取的实物，那么相关部门可以对这些实物或者违法收入进行没收。
4. 罚款：如果自建房违反了相关法律法规，但情节轻微，可以处以罚款。
5. 其他法律责任：如果建房人拒绝履行相关部门的处理决定，或者在拆除、没收等处理过程中不配合，可能会面临其他法律责任，例如行政拘留、刑事责任等。
需要注意的是，在处理农村自建房违建时，应该严格遵守法律程序，并保障当事人的合法权益。如果您对处理结果有异议，可以通过行政复议、行政诉讼等途径进行申诉。
农村自建房若违反了相关法律法规和规划要求，应视为违建，需要立即停止施工和使用，并在规定时间内拆除。对于涉及土地使用权、建设用地、房产所有权等问题，需要依法进行调解或诉讼解决。同时，应加强宣传教育，提高农民的法律意识和规划意识，引导他们理性规划、合理布局，逐步消除违规自建房屋的行为。
