1.初步阶段或预处理。作为第一阶段，在大多数医疗污水的处理过程中是必不可少的，主要用于去除废水中包含的棍棒、碎布和其它固体颗粒杂质等。
2.初级处理阶段。这是污水处理系统的第二步，在这个阶段完成废水中固体和油脂的物理分离。现在，水流入初级过滤器或澄清器几个小时，让固体沉淀下来，较轻的颗粒会浮到顶部，然后从水箱中撇除。部分处理过的废水进入下一级处理。
3.二级处理阶段。它是一种生物处理工艺，可从废水中去除以可溶和胶体形式存在的溶解无极材料。在这里，细菌被用来转化胶体和溶解的有机物。现在来自初级池的部分处理后的废水流入曝气池，通过鼓风机提供空气，为微生物提供氧气。当废水流入二沉池时，沉淀下来的固体称为二沉污泥。一部分被回收用于活性污泥工艺，剩余的与初沉污泥混合，送入污泥消化池处理，这个阶段去除了大约90%的无机固体。
4.深度处理。这是诊所污水处理的最后一个阶段。这个过程中主要去除的是二级处理中未去除的悬浮固体和有机物。在生物处理过程中没有去除的病原微生物将通过称为消毒的过程去除。根据废水条件（PH、透明度等），可以使用多种消毒剂。它是通过物理或化学消毒剂如氯、紫外线、臭氧等来实现的。然后，经过消毒的废水就可以实现达标排放了。
