荷花以其生长习性命名，古人又叫水芝、水花、水芸、水旦、水目、泽芝。
由于荷花是多年生宿根水生植物，故古人将其归为水草类，取名多为“水”字起头。古时江南风俗，阴历六月二十四日为荷花生日，荷花因而又有“六月花神”的雅号。此外，为了表达对荷花高洁形态的赞赏，人们以金芙蓉和草芙蓉比喻荷花品性的难得。
最后，荷花的别称还有君子花、凌波仙子、水宫仙子、玉环等。
荷花，最早称莲花，在周·《诗经》中首次出现“荷花”之称。
历代古书中对荷花还有很多的别名。如：
芙蓉、芰荷（《楚辞》）；
夫容（汉·《子虚赋》；
芙蕖、夫渠、扶蕖（西汉·《毛诗古训传》）；
容华（汉·《淮南子》）；
菡萏（汉·《尔雅》）；
水芝、水目、水华、水花（西晋·《古今注》）；
水宫仙子（宋·《鸡川子·荷花》）；
蕖仙（宋·《鸡川子·荷花》）；
藕花（宋·《如梦令》）；
玉环（元·《说郛》）；
水旦、水芸、泽芝、水芙蓉、出水芙蓉（明·《群芳谱》）；
草芙蓉（《采芳随笔》）；
嘉莲、瑞莲、并头莲、并蒂莲、一品莲、四面莲（南朝·《宋书符瑞志》）；
凌波女（宋·《蝶恋花·秋莲》）；
凌波仙子（宋·《咏荷》）；
君子花（宋·《爱莲说》）；
溪客（宋·《西溪丛语》）；
净客（明·《三柳轩杂识》）；
净友（明·《三余赘笔》）；
浮友、静客（清·《广群芳谱》）
