某些动物所特有的原始骨骼称为脊索。它位于这类动物身体的中轴、消化管的背侧，有支撑动物身体的功能。文昌鱼、柱头虫等具有脊索，故称为脊索动物。
动物由脊索动物进化到脊椎动物时，脊索被脊柱所替代。脊索动物在其一生或个体发育的一定阶段出现于身体背侧正中、神经管正下方呈前后走行的棒状支持器官称脊索。脊索不是脊椎，脊椎是脊索出现后才慢慢产生的，脊椎是骨质的，脊索不是骨质的。
脊索是一条由多泡状角质细胞所组成的坚韧、半透明、有弹性的圆柱形不分节结构，其表面覆盖着数层薄薄的结缔组织的脊索鞘。
①出现了明显的头部，神经管的前端分化成脑和眼、耳、鼻等重要的感觉器官，后端分化成脊髓；大大加强了动物个体对外界刺激的感应能力。
②脊索只见于发育早期，后为脊柱取代，脊柱由脊椎连接而成；保护脊髓，其前端发展成为头骨保护脑，脊柱为内骨骼的重要组成部分，起支持身体，保护体内器官作用。③原生的水生种类用鳃呼吸，次生的水生种类和陆生种类只在胚胎间期出现鳃裂，成体用肺呼吸。④具上下颌，作用：支持口部，加强主动摄食和消化能力。⑤完善的循环系统，出现能收缩的心脏，促进血液循环，有利于生理机能提高。⑥出现了构造复杂的肾，提高了排泄系统的机能。⑦以成对的附肢作为运动器官。大大增强了运动机能。
