对朱佑樘的评价极高,明朝万历年间的内阁首辅朱国桢就说:"历史上称贤君的就是汉文帝、宋仁宗与我明之孝宗皇帝。"朱佑樘就是明孝宗,他在位期间提倡直言进谏,为人宽厚仁慈,躬行节俭,不近女色,勤于政事,重视司法。是明朝历史上经济繁荣、人民安居乐业的和平时期。被史家称为"弘治中兴"。
在《明史》中,朱佑樘(字文簡)被评价为“性至孝悌,钟礼敬,志清正”,他所著的《玉堂禁脩》、《宗礼》等书,在礼制、儒学、历史等方面都有很高的学术价值,对明代的文化和制度产生了深远的影响。同时,他也曾在政治上出任过兵部侍郎、吏部侍郎等重要职务,并担任过皇太极的师傅,充分体现了他的政治才能和地位。但是,他屡次上奏劝谏明朝朝廷,反对“倚仗太监专权”、“靖难之役”等事件,却遭到了朝廷的冷落和排斥,这也是朱佑樘在《明史》中被评价为“不重名利”的原因之一。总体来说,朱佑樘在明代是一位学术大师和清正官员,但他的深刻见识和坚定原则也促使他与朝廷保持一定距离。