《南海归墟》剧情和原著相差太多，为了避免某些审查中的热门话题，编剧刘安琪在无奈之下删除了原著小说中的一些引人入胜的情节。这让许多原著粉感到非常失望。张教授描述的关于秦王照骨镜的神秘效果，实际上是无法直接观察到的。这无疑让剧情更加牵强附会。在大金牙与铁三角一同抵达岛屿之后，与铁三角一同出海的相关情节似乎也被突然中断了。这些改动不仅让剧情显得不连贯。
《南海归墟》的结局：铁三角拿到秦王照骨镜，多玲中毒，明叔拿到钱救儿子，而铁三角也将奔赴下一趟旅程救多玲找解药。
1.秦王照骨镜
秦王的照骨镜是古代帝王才能使用的青铜重器，它有着镇尸和揭示经络的双重功能。张教授是考古学领域的权威人士，他得知这件珍贵的青铜重器并没有被东南亚的富商用船带走，而是沉入了珊瑚螺旋的附近。张教授非常渴望得到这件珍贵的国宝，所以他请求铁三角协助取回这面照骨镜。
2.阮黑结局
胖子和明叔因为争抢珍珠包裹一时失手，不慎将其掉落进了水中。阮黑见状扎进了水里去捞包裹，本来阮黑已经成功上岸，突然一头鲨鱼直接吞了阮黑半截身体。古猜看到师傅被鲨鱼叼在嘴边，将师傅从鲨鱼口中救出，但阮黑确实失血太多了，支撑不了多久。
老胡为了让他尸身不腐，往他嘴里放了一颗珍珠，并且找来一个蚌壳放进去。
3.明叔结局
历经南海归墟跟着铁三角还能平安回来，这一趟南海之旅后，胡八一凑了一箱钱给他还清了债务救出了儿子。
4.多玲结局
在剧中古猜和胡八一，胖子在那艘玛丽仙奴号上搜查秦王照古镜线索，古猜看到金表送给姐姐多玲，在后面鲛人怪袭击多玲，多玲手臂受伤血滴在手表上，而手表上有奇毒，遇到血就被触动。回去的途中，多玲就一直昏迷，身体也开始腐烂。虽然有翡翠玉衣可以保住了多玲的性命，但仍需要找到三株莯才能救她，要去危险的蜀地，从而牵引出巫峡棺山。
小说里让多玲中尸降的金表是王胖子拿出来的，而剧中改成了古猜。其次，小说里交代只有尸丹能救多玲，剧中却改成了三株莯。
倘若还能拍下一部巫峡棺山的话，应该能看到寄信的人其实就是一直被王胖子称之为孙老九的孙学武教授，也就是在龙岭迷窟时，指点铁三角去云南虫谷寻找凤凰胆的那位孙教授。大家一起期待吧！
如果拍下部，多玲不知道会不会有好的结局。因为在原著中胡八一、雪莉杨、王胖子再次去冒险，九死一生后还是没能找到治愈多玲的解药。
