水草缸的过滤可以滤除水中的有机物和微尘颗粒，保持水质的洁净。过滤系统所产生的水流可以将缸内的污物冲刷到过滤桶内，保持美观。过滤还是硝化细菌主要的生存场合之一，而硝化细菌具有净化水质、稳定缸内环境的作用。那么怎么为水草缸选择一个合适的过滤器呢，接下来我们来详细说说。
1.先检视水缸内的养殖状况，来决定水草缸的过滤水流循环的次数。
a.纯水草缸，未饲养鱼只----每小时水循环两次。
b.水草缸中饲养小型鱼只----每小时水循环三次。
c.水草密植，鱼只密集-------每小时水循环四~五次。
依实际养鱼的密度(鱼只大小之拉粪量)。
2.配合水草缸的大小，来决定水草缸的过滤器的流量。如水草缸中饲养灯科鱼，水缸大小为100公升，则每小时需有300公升的滤水量。
3.在计算流量时，请注意当过滤器启动过滤一段时间后，会有污物阻塞滤材，减低水的流量，因此除要定期清洗滤材外，在计算流量时，要乘以一点二倍，较为合适。因此以上述之100公升水草缸中，饲养灯科鱼，需要每小时300公升×1.2倍=每小时360公升的过滤的流量。
当然任何水族缸都需要过滤系统，在大多数情况下，水草缸的过滤系统必须24小时连续开启，否则会造成缸内环境的波动，严重时会导致缸内生态系统的崩溃。只有极少数情况下可以不用或者少用过滤，但这些情况对于绝大多数人来说不适用。
