1、水质不同：纯净水，指的是不含杂质的H₂O，简称净水或纯水，是纯洁、干净，不含有杂质或细菌的水，如有机污染物、无机盐、任何添加剂和各类杂质，是以符合生活饮用水卫生标准的水为原水。
而矿泉水是从地下深处自然涌出的或者是经人工揭露的、未受污染的地下矿水，含有一定量的矿物盐、微量元素或二氧化碳气体。在通常情况下，其化学成分、流量、水温等动态在天然波动范围内的相对稳定。
2、制作工艺不同：纯净水通过电渗析器法、离子交换器法、反渗透法、蒸馏法及其他适当的加工方法制得而成，密封于容器内，且不含任何添加物，无色透明，可直接饮用。
矿泉水分为天然矿泉水和非天然，天然矿泉水指从地下深处自然涌出或经钻井采集，含有一定量的矿物质、微量元素或其他成分，在一定区域内未受污染并采取预防措施避免污染的水。
3、优点不同：体内含有过多矿物质的水会给人体造成不必要的负担，而且有的矿物质人体不一定能吸收，如果长期积聚体内，会直接影响人体健康。但是，纯净水短时间内能够帮助排泄人体内的毒素，长期饮用时可能会导致体内铅的含量超标。
而矿泉水富含微量元素，如铁、矽、锌、钢、镍、锡、锰等。这些微量元素占人体总质量的0.03%左右。虽然它们在体内的含量很小，但在生命活动过程中的作用十分关键。
矿泉水与纯净水的区别是，矿泉水中含有多种矿物质，只是净化沉淀了水中的泥沙，而纯净水是通过特殊的净水设备把水中的所有物质全部提纯，也可以称软水。
