棉花一般存放在专业的棉花储备库内,目前国内的棉花储备库房有砖混仓和钢板仓两种。储存库要求交通便利、防火、通风、防潮、防霉变等,特别是防火,棉花储备库都是特级防火单位。一般来说棉花应库内堆垛存放,库外存放要盖苫布。棉垛下要打好垫基(枕木或石块),堆垛时包应平放,上下层交叉压缝。垛与垛之间应留出必要的通道。
一般库内温度应保持在30℃以下,最高不得超过35℃,相对湿度不得超过70%,保管中的棉花含水率不得超过10%。棉花在正常的储存条件下,保质期较长,但由于棉花内含有一定的水份,在高温的情况下,尤其是温度超过35℃时,颜色可能会发生变化,出现自然变异,进而影响到棉花的品级。