人体器官捐献后的遗体的处理是由医院进行符合伦理原则的医学处理，恢复遗体原貌，对于有遗体捐献意愿的捐献者，由省级人体器官捐献办公室联系接收站接收。
法律依据：
《人体器官移植条例》第二十条
摘取尸体器官，应当在依法判定尸体器官捐献人死亡后进行。从事人体器官移植的医务人员不得参与捐献人的死亡判定。
从事人体器官移植的医疗机构及其医务人员应当尊重死者的尊严；对摘取器官完毕的尸体，应当进行符合伦理原则的医学处理，除用于移植的器官以外，应当恢复尸体原貌。
处理情况如下：
通常情况下，无论是医学院还是医院，在进行解剖和教学后一定不会把遗体丢弃。如果是健康的器官，没有什么典型的疾病，在三年完成教学后会被制成标本。
没有留在医学院或者医院的大体老师（医学界对遗体捐赠者的尊称），每一年都会有一次撒入大海的纪念仪式。
当遗体进入解剖楼后，无论是学生还是老师都对大体老师非常的尊重。在每一堂解剖课前，所有的学生要向这位无声的老师默哀30秒。无论年龄长幼、高矮胖瘦，这具遗体会成为学生未来职业道路上重要的指明灯。
在众多的生命展厅里都有大体老师生前留下的遗书，有歪歪扭扭地写了自己的名字，有也有颇有诗意的绝笔，有用幽默的笔法侃侃而谈自己的人生，也有絮絮叨叨的嘱咐。
