大鱼海棠主要讲述在天空与人类世界的大海相连的海洋深处，生活着掌管着人类世界万物运行规律的“其他人”，居住在“神之围楼”里的女孩“椿”，十六岁生日那天变作一条海豚到人间巡礼，被大海中的一张网困住，一个人类男孩因为救她而落入深海死去。
为了报恩，她需要在自己的世界里帮助男孩的灵魂——一条拇指那么大的小鱼，成长为比鲸更巨大的鱼并回归大海，历经种种困难与阻碍，男孩死后终于获得重生，但这一过程却不断地违背“神”的世界规律而引发种种灾难。
大鱼海棠讲述了掌管海棠花生长的少女椿在人间巡礼时被困，被人类男孩鲲所救。而鲲却因救椿牺牲，为了报答鲲，椿决定冒着违背天神的风险复活鲲，而在这个过程中她不得不与命运做斗争，最后在湫的帮助下，椿与鲲都回到了人类世界。
在海天相连的海洋深处，生活着一群掌管人类世界运行规律的“其他人”。椿就是生活在这个世界的少女，在椿十六岁生日那天，化作了一只海豚在人类世界巡礼的时候结果被渔网困住，而人类男孩鲲为了救她牺牲了自己。
为了报恩，椿决定拯救他的灵魂。而复活鲲需要椿在自己的世界里让鲲的灵魂——一条小鱼成长为比鲸更巨大的鱼并回归大海才行。因为此举违背天神的指令，因此在整个过程中，椿遇到了重重的阻碍。最后在本是天神的湫的帮助下，男孩死后终于获得重生。
