个体户自然人扣缴系统需要通过以下步骤完成申报：
1. 登录国家税务总局网站，点击个体工商户自然人扣缴系统申报入口，进入申报页面。
2. 选择申报方式，可以选择网上申报或者纸质申报。
3. 填写申报表，按照系统提示填写纳税人基本信息、所得信息、申报方式、缴纳方式等相关信息。
4. 提交申报表，当申报表填写完成后，点击提交按钮，系统会生成申报结果。
5. 缴纳税款，根据申报结果确认自己需要缴纳的税款，选择缴纳方式进行缴税。
6. 打印申报表和缴税凭证，根据系统提示打印电子申报表和缴税凭证，保存好相关证明文件。
以上就是个体户自然人扣缴系统申报的具体步骤，如果在申报过程中遇到问题，可以咨询当地税务机构或者拨打国家税务总局服务热线进行咨询。
进入自然人税收管理系统扣缴客户端，在人员信息采集模块中完成投资人（承包承租人）的人员信息采集 ，打开自然人客户端，点击“生产经营”图标，系统会自动获取【征收方式】和【投资者信息】，用户也可以点击【单位信息】菜单进行查看核对和手动下载点击【更新】按钮，更新成功一次即可。
投资者信息报送，先添加人员信息，在获取反馈，报送验证，最后点击综合申报，工资薪金，填写，个体不需要报工资薪金。
