将种瓜于11月下旬采收后放在5℃～7℃的地方。可以把整个瓜保存在缸内或沙藏于温暖之处，四周覆盖煤灰，上再覆稻草等，保暖防冻过冬。
二、催芽时间于第二年1月下旬 将种瓜取出，用塑料袋逐个包好，移到暖室或热炕上催芽， 温度15～20℃。催芽温度不宜太高．温度过高出芽快， 但芽细不健壮。隔离留种佛手瓜为雌雄同株异花授粉植物，留种栽培时应注意将品种（品系）进行隔离。常采用的方法有地区隔离法和人工套袋隔离法。
四、地区隔离法大规模留种时，品种间种植距离至少相隔1000米，如有高山等天然隔离屏障，则可缩短至500米左右。
人工隔离法少量留种时，可在雌雄花开放前1～2天，分别套上纸袋，或用保险丝、小塑料夹夹住花瓣，授粉时将刚开放的雄花花粉涂在雌花的柱头上。种瓜采收种瓜必须达到生理成熟期才可采收，即果皮由绿色变淡黄色，或由白色变淡黄白色，皮面光滑、变硬，有刺种刺瘤刚硬，手摸有刺感。
六、随即套回纸袋或夹住花瓣，不让昆虫传粉。人工辅助授粉宜在上午6：00～8：00进行。
1、洗净，不要带有果肉。
2、阴干，不要在阳光下曝晒，影响发芽率。
3、透气，要放在透气的容器中，比如布袋、瓦罐等，因为种子是活的，虽然呼吸作用微弱，但毕竟是要呼吸的。
4、阴凉干燥，储存的环境要阴凉干燥，不能潮湿，否则容易发霉。
5、防虫，如果数量不多，可在装入容器前用杀蚊子的枪手之类的喷一下，不要多。
