1、孙家鼐 （1898.07—1899.07）
孙家鼐(1827—1909) 字燮臣，安徽寿州（今寿县）人。清咸丰状元。历任工部、礼部、吏部尚书。1898年7月3日以吏部尚书、协办大学士受命为首任管理大学堂事务大臣。
2、许景澄 （1899.07—1900.07）
许景澄(1845－1900) 字竹筠，浙江嘉兴人。清同治进士。1898年7月任京师大学堂总教习。1899年7月—1900年7月任暂行管理大学堂事务大臣。
3、张百熙 （1902.01—1904.02）
张百熙(1847—1907) 字盖铮，湖南长沙人。清同治进士。1902年1月以工部尚书受命为管学大臣，恢复因八国联军入侵而暂时停办的京师大学堂。1904年2月离任。
4、张亨嘉 （1904.02—1906.02）
张亨嘉(1847—1911) 字燮钧，福建侯官（今福州）人。清光绪进士。1904年2月，以大理寺少卿受命为京师大学堂首任总监督。1906年2月离任。
5、李家驹 （1906.02—1907.07）
李家驹(1871－1938) 字柳溪，清汉军正黄旗人。清光绪进士。1906年2月至1907年7月任京师大学堂总监督。
6、朱益藩 （1907.07—1907.12）
朱益藩（1861-1937），字艾卿，号定园，益浚弟，江西莲花人。光绪庚寅翰林，官至湖南正主考，陕西学政，上书房师傅，考试留学生阅卷大臣。1907年7月至1907年12月任京师大学堂总监督。
7、刘廷琛 （1907.12—1910.09）
末历任翰林院编修、陕西提学使、京师大学堂监督、学部副大臣。曾于宣统元年向溥仪进讲。辛亥后侨居青岛。民国政府礼制馆隶于政事堂。1914年7月1日，国务卿拟聘刘廷琛为礼制馆顾问，刘乃撰《复礼制馆书》以辞。
8、柯劭愍 （1910.09—1911.11）
柯劭愍（1848年－1933年），字仲勉，又作凤孙、凤荪、凤笙、奉生等，号蓼园，室名岁寒阁，山东胶州市胶城镇东关姜行街人。民国初年国学家、史学家。曾任辅仁大学（北京）董事会董事。1910年12月—1911年12月任京师大学堂总监督（相当于现在北京大学校长）。
9、劳乃宣 （1911.11—1912.02）
劳乃宣（1843——1921），字季瑄，号玉初，又号韧叟。河北省广平府（今河北省永年县广府镇）。中国近代音韵学家。清末修律，礼、法之争中礼教派主要代表人物之一。劳乃宣坚持“本旧律之义，用新律之体”的修律方针，主张凡属三纲五常的伦理纲常都纳入新刑律之中。他的法律思想是中国封建正统法律思想在中国近代社会的表现，目的在于抵制中国法律制度的变革，维持封建君主专制。
10、严复 （1912.02—1912.10）
严复（1854.1.8—1921.10.27）原名宗光，字又陵，后改名复，字几道，汉族，福建侯官人，曾担任过京师大学堂译局总办、上海复旦公学校长、安庆高等师范学堂校长，清朝学部名辞馆总编辑。他是清末很有影响的资产阶级启蒙思想家，翻译家和教育家，是中国近代史上向西方国家寻找真理的“先进的中国人”之一。
11、何燏时 （1912.12—1913.11）
何燏时（1878-1961）浙江省政协原副主席。字燮侯。浙江省诸暨县人，1878年8月10日生。早年赴日留学，是第一个在日本大学毕业的中国留学生。回国后，历任京师大学堂工科监督，工商部矿政司司长，北京大学校长。
12、胡仁源 （1913.11—1916.12）
胡仁源字次珊，，号仲毅，浙江吴兴人。光绪二十八年（1902）举人。光绪二十七年（1901年）考入南洋公学特班，后留学日本，毕业于仙台第二高等学校。此后留学英国学习造船，毕业于推尔蒙大学，回国后历任江南造船厂总工程师、京师大学堂教员、北京大学预科学长、工科学长，北京大学代理校长、校长，教育部总长，唐山交通大学校长，浙江大学工学院教授等职。
13、蔡元培（1916.12-1927.8）
蔡元培（1868-1940），男，字鹤卿，号孑民，浙江绍兴人，汉族，原籍浙江诸暨，民主主义革命家和教育家。数度赴德国和法国留学、考察，研究哲学、文学、美学、心理学和文化史，为他致力于改革封建教育奠定思想理论基础。曾任教育总长、北京大学校长、人学院院长、中央研究院院长等职。
14、蒋梦麟（1930.12-1945.9）
蒋梦麟（1886－1964）原名梦熊，字兆贤，号孟邻，浙江余姚人。美国哥伦比亚大学教育学博士，曾任国民政府第一任教育部长、行政院秘书长， 长期担任北京大学校长。
15、胡适（1946.9-1948.12）
胡适（1891.12.17—1962.2.24），汉族，安徽绩溪上庄村人。现代著名学者、诗人、历史家、文学家，哲学家。因提倡文学革命而成为新文化运动的领袖之一。
16、汤用彤（1949.5-1951.9）
汤用彤（1893—1964），字锡予，祖籍湖北省黄梅县，生于甘肃省渭源县。中国著名哲学史家、佛教史家，教育家、著名学者。曾任北京大学副校长，校长，
中国科学院哲学社会科学部委员。现代中国学术史上会通中西、接通华梵、熔铸古今的国学大师之一。与陈寅恪、吴宓并称“哈佛三杰”。
17、马寅初（1950.6-1961.3）
马寅初（1882年6月24日－1982年5月10日），字元善。汉族，浙江省绍兴县人，出生于嵊县（今嵊州市），中国近现代教育家、经济学家、人口学家。
18、陆平（1960.3-1966.5）
陆平（1914－2002）原名刘志贤，又名卢荻，吉林长春人。1933年入党，1934年至1937年在北京大学教育系学习，学生时代参加过“一二·九”运动。历任永吉市（现吉林）团委宣传委员，中共吉林市区委书记，河北省互济会秘书，北京大学学生会执委，北平市学联常委。
19、周培源（1978.7-1981.3）
周培源（1902年8月28日－1993年11月24日）著名流体力学家、理论物理学家、教育家和社会活动家。中国共产党党员。中国科学院院士，我国近代力学奠基人和理论物理奠基人之一。
20、张龙翔（1981.5-1984.3）
张龙翔(1981.5-1984.3)
教授，生物化学家。浙江吴兴（今湖州）人。1937年毕业于清华大学化学系。1942年获加拿大多伦多大学哲学博士学位。1944年回国。曾任重庆桐油研究所研究员、北京大学教授。1946年起，历任北京大学化学系、生物学系教授、博士生导师，副校长。1981年5月至1984年3月任北京大学校长。
21、丁石孙（1984.3-1989.8）
1927年9月5日生，原名丁永安，江苏镇江人，生于上海。中国数学家，主要研究领域为代数学。曾任北京大学校长，民盟中央主席，中国全国人大常委会副委员长。中共党员。
22、吴树青（1989.8-1996.8）
经济学家兼教育家，教授。1932年生，江阴顾山人。3岁随母到常熟生活、读书，初中就读于常熟县立中学，高中就读于上海中学。1949年8月参加革命，被选送到华东人民革命大学学习后分配至浙江桐乡县委工作。1952年被选送到中国人民大学研究生班学习，1955年加入中国共产党。
23、陈佳洱（1996.8-1999.12）
著名物理学家。中国科学院院士、第三世界科学院院士、教育家、加速器物理学家。
24、许智宏（1999.12-2008.11）
1942年10月14日生，江苏无锡人，生物学家，中国科学院院士，曾经担任中国科学院副院长。为北京大学生命科学学院教授、中国科学院上海植物生理研究所研究员。曾任中国细胞生物学会理事长，中国植物学会副理事长,
中国生物工程学会副理事长；现任国际植物组织培养和生物技术协会主席，中国植物生理学会理事长，联合国
25、周其凤（2008.11-2013.3）
周其凤，男，汉族，1947年10月出生，湖南浏阳人，中共党员，理学博士，教授，博士生导师，中国科学院院士。
26、王恩哥(2013.3-2015.2)
王恩哥，男，出生于1957年1月，辽宁人，籍贯上海。1982年毕业于辽宁大学物理系，1985年在该校获硕士学位，1990年在北京大学物理系获博士学位，1991年12月由中国科学院物理研究所博士后科研流动站出站，并在法国和美国从事博士后研究。曾任中国科学院副秘书长；中国科学院院士、博士生导师；发展中国家科学院院士；美国物理学会会员，英国物理学会会员；兼任香港大学荣誉教授，日本国立材料研究所、智利大学
27、林建华(2015.2-2018.10)
林建华，男，汉族，1955年10月生，山东高密人，1976年7月加入中国共产党，1973年11月参加工作，理学博士，教授，博士生导师。
28、郝平（2018.10）
郝平，男，汉族，1959年9月生，山东青岛人，1982年6月加入中国共产党，1982年8月参加工作，北京大学国际关系学专业毕业，研究生学历，博士学位，教授，博士生导师。
