微生物质谱分析的原理是一种基于细菌全细胞蛋白质组指纹图谱分析的技术，与Sherlock全自动微生物鉴定系统的细胞脂肪酸成分分析相类似，质谱分析亦需要通过专门的数据分析，和专家系统对未知细菌的特殊蛋白图谱，与菌种文库中收集的菌种蛋白质组指纹图谱进行比较。
由于微生物质谱分析的蛋白质大分子适合于飞行时间质量分析器，因此，微生物的质谱鉴定被统称为基质辅助激光解吸电离的飞行时间质谱技术。
质谱分析的基本原理
用于分析的样品分子（或原子）在离子源中离化成具有不同质量的单电行分子离子和碎片离子，这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能并形成一束离子，进入由电场和磁场组成的分析器，离子束中速度较慢的离子通过电场后编转大，速度快的偏转小；在磁场中离子发生角速度矢量相反的偏转，即速度慢的离子依然偏转大，速度快的偏转小；当两个场的偏转作用彼此补偿时，它们的轨道便相交于一点。与此同时，在磁场中还能发生质量的分离，这样就使具有同一质荷比而速度不同的离子聚焦在同一点上，不同质荷比的离子聚焦在不同的点上，其焦面接近于平面，在此处用检测系统进行检测即可得到不同质荷比的谱线，即质谱。通过质谱分析，我们可以获得分析样品的分子量、分子式、分子中同位素构成和分子结构等多方面的信息。
