1、真核基因表达调控过程更复杂；
2、在染色质结构上，原核细胞的DNA是裸露的，而真核细胞DNA包在染色体中；
3、在原核细胞中的染色质结构对基因的表达没有明显的调控作用，而在真核细胞中染色质的变化调控基因表达，并且基因分布在不同的染色体上，存在染色体间基因的调控问题；
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