1、冷藏保存。苦瓜适宜储藏温度在10℃左右之处，不能低于8℃。储存最好不要超过三天。可以将买回来的新鲜苦瓜用报纸包好放在冰箱冷藏层保存。
2、速冻保存。选择表皮完整、无病虫害的鲜嫩苦瓜，洗净，去籽去瓤切成瓜圈、瓜块或瓜片，浸入沸水中焯0.5～1分钟，切的形状不同，焯的时间也不同，同时要不停地搅匀。捞出，迅速浸入冷水中冷却，使瓜温在短时间内降至5～8℃。
捞出沥干水分，迅速后放入冰箱内速冻，以菜体温度达-18℃为宜，在速冻过程中应翻动2～3次，促进冰晶形成和防止菜体间冻成坨。取出速冻好的苦瓜装入食品袋中，封好口，放入冰箱冷冻室保存，可保存半年。
3、挑个大肥厚的苦瓜，洗净，晾干水分。切成片状，用少量食盐充分拌合均匀。这一步主要是防止干后生虫。把苦瓜片上蒸笼一下，五成熟到全熟都可以。把蒸好的苦瓜片取出，放在布上或者打的平板上，在通风的地方晾干或者晒干，烘干也行。
苦瓜应保存在阴凉通风处，最好是放在温度为10℃~15℃，湿度在60%~65%的环境中。如果没有这样的环境条件，可以将苦瓜放在冰箱的蔬菜室里保存，但不要和其他蔬菜水果混在一起。另外，苦瓜尽量不要切开先放，因为切开后会导致营养流失加速，并且容易变质。正确的储存方式可以使苦瓜保持新鲜、营养丰富，延长其保鲜期。
