目鱼和墨鱼的主要区别具体如下：
一、科目分类不同。
1、目鱼
目鱼一般指半滑舌鳎，属鲽形目、舌鳎科、舌鳎属、半滑舌鳎种。
2、墨鱼
墨鱼一般指乌贼，属乌贼目、乌贼科、乌贼种。
二、形态特征不同。
1、目鱼。
吻部钝圆，吻长小于上眼至背鳍基距离，吻钩不达左侧前鼻孔下方。两眼位于头左侧中部稍前方，上眼后缘约位于下眼中央上方， 眼间隔有鳞，小鱼较窄，大鱼较宽。唇光滑，右侧较肥厚。两颌仅右侧有绒状窄牙群。无鳃耙。
头体左侧淡黄褐色，奇鳍淡褐色而背鳍、臀鳍外缘黄色，腹鳍淡黄色。头体右侧白色，鳍淡黄色。 胃近弧形粗管状。
2、墨鱼。
乌贼身体可区分为头、足和躯干三个部分，躯干相当于内脏团，外被肌肉型套膜，具石灰质内壳。头位体前端，呈球形，其顶端为口，四周围具口膜，外围有5对腕。头两侧具一对发达的眼，构造复杂。眼后下方有一椭圆形的小窝，称嗅觉陷，为嗅觉器官，相当腹足类的嗅检器，为化学感受器。
三、生境分布不同。
1、目鱼。
半滑舌鳎属于近海大型底栖暖温性动物，栖息于干泥沙质海底，只做近距离洄游。在中国分布于渤海（在渤海湾北起河北秦皇岛，南到天津塘沽）、黄海、东海、南海（在黄、渤海较常见）。
2、墨鱼。
主要生活在热带和温带沿岸浅水中，冬季常迁至较深海域。中国乌贼种类较多，东海盛产曼氏无针乌贼，盛产于浙江南部沿海及福建沿海；台湾枪乌贼，分布于台湾海峡以南海区，汕头外海及北部湾为产卵场所。
