清代书院别于宋明时期书院的特点，集中表现在以官办为主，教学目的在训练生徒应试科举，由此而决定其教学内容、教学方式及行政组织管理均与前代不同。
清代初期，书院讲学虽也注重心性，但为应科举而不得不以章句制艺之学为主，过去的自开山门、自由讲学之风已荡然无存。
1735年上谕称：“凡书院之长，必选经明行修，足为多士模范者，以礼聘请。”
清代，广东书院大都以四书五经诸史为主要教学内容，以考课为最重要。教学方式大同小异，一般每月安排若干次上堂讲书，或宣讲，或发问、质疑、答疑。考课分官课、师课两种，每月生徒考课少则两三次，多则五六次。
凡到课生徒黎明回院向院长揖坐盾，封门发题，考题内容以四书为主，考卷必须在当日缴交，优异者得到奖赏。
此时的书院，再不是探究学问、修身养性的地方，而是为追求功名、进入仕途的训练场所，因此清代广东书院似有两级，除作为儒学后阶段的普通级外，还有作为乡试后阶段的高级设置。
书院的环境则十分注重选择风水地，一般书院均有学产，由政府拨置或民间筹集，生徒可拿到膏火经费与奖赏。
1705年，巡道焦映汉在琼州兴建琼台书院，院舍为二进式，头门中阶建奎光阁，中座为讲舍，后座为藏书楼，另有斋舍20间。
