其原因主要有二。其一，《三海经》中所传达的思想与纪晓岚的儒家思想偏离有点大。其二，纪晓岚身处在当时的那个时期，思想被束缚了。
《三海经》中所传达的思想与纪晓岚的儒家思想偏离有点大。纪晓岚的思想理念秉承的是儒家学派，而且《山海经》中所记载的东西很多都是一些很荒唐无稽的事情，在当时不存在有什么现实价值，甚至还会误导别人的思想，如果这样的书籍流传下去，纪晓岚认为书里面的内容太过于玄幻，违背了我们的自身的认知，一方面于自己的思想存在了背离，而另一方面，如果这个思想流传下去，就会怕被别人利用，就会引起社会的骚动。
纪晓岚想要烧毁《山海经》，原因有很多方面。纪大学士编撰《四库全书》，首先是要保证收录的书籍为儒家正统，也就是要保证所收录的作品具备严谨，同时有利于封建政权的统治的特质，对于《山海经》来说，有这几个问题让他以及很多朝中官员难以接受：
1是《山海经》中的故事很多荒诞不经，与正统学术书籍大相径庭；
2是《山海经》记载的很多大清国境以外的事例，对于以大清为世界中心的官员来说，认为对皇权统治不利；
3是《山海经》从根本意义上来说，是一本集天文、地理、水利、科学等为一体的百科全书，对于首先要奉行愚民政策的统治者来说，让人民接触到广泛的知识，同样对于皇权统治不利。
