支付宝花呗已经还了最低怎么还会扣了全款

估计是因为花呗默认开通自动扣款。

用户在还款日到来之前  ，主动还了账单最低还款额，到了还款日当天，系统依旧会按还款顺序从支付宝账户余额、绑定的银行卡、余额宝里进行扣款，扣除账单剩余未还款项对应的金额。

没有用过“最低还款”，应该是你自己没有设置好，“扣了全款”的情况是你设置了自动还款。