河源
源头至安拉阿巴德为上游，恒河的两个较大源头是阿勒格嫩达河和帕吉勒提河，两河上游奔腾于喜马拉雅山间，地势由 3150m 急降至 300m，急流汹涌。两河在代沃布勒亚格附近汇合后，才被称为恒河。当恒河流至安拉阿巴德时，海拔已降至 120m。上游河段以赫尔德瓦尔为界，以上的河段穿过西瓦利克山脉，河床多为岩石，河道狭窄，多急流；以下的河段进入平原，河面变宽为 0.76～3.3km，泥沙淤积，河道两侧多沼泽和低洼地，雨季常改道。旱季时，流量为 200m³/秒；雨季时，流量达 5680m³/秒。
中游
安拉阿巴德至西孟加拉邦为中游，恒河接纳了最大的支流朱木拿河，水量大增，河面变宽，体形弯曲，地势平坦。旱季时，河宽约 1km；雨季时，河宽为 5～6km。接着气势磅礴地流向印度教圣地瓦拉纳西，又集纳了许多支流，浩浩荡荡地奔向下游。
下游
西孟加拉邦以下为下游，入孟加拉国后，恒河被称为帕德玛河（意为荷花），分成数条支流，在达卡西北与布拉马普特拉河汇合，形成“丫”字形，最后注入孟加拉湾。由于受气候的影响，雨季时，泛滥成灾；旱季时，水量却供不应求。特别是 1970 年，印度在靠近孟加拉国边界建成法拉卡水坝，使恒河旱季时流入孟加拉国的水量减少了 3/4，导致两国原来因为水资源问题而紧张的关系更加突出。为缓和紧张的关系，两国于 1996 年 12 月达成协议：旱季期间，当恒河的流量在 1980m³/秒以上时，孟加拉国可得到至少约 990m³/秒的流量；当流量低于 1980m³/秒时，孟加拉国将分得流量的一半。
