被处死了，但并不是两个儿子，而是一儿一女，孔融得罪手握兵权的曹操，满门被斩，还连累了两个同样是神童的儿女。
孔融被害时，他的女儿七岁，男孩九岁，因年幼得以保全。寄在别人家中。二子下棋，孔融被捕，不为之动。左右的人说：“父亲被逮捕，不起，为什么？”答说：“哪里有巢毁坏了卵不破的呢？”
主人有给肉汁的，男孩口渴喝了。女孩说：“今天这样的祸，难道能够久活，还要知道肉味吗？”哥哥号哭而止饮。有人对曹操说了，于是决定都杀掉。
等到捉拿的人到，女孩的对哥哥说：“如果死者有知，得见父母，难道不是我们最大的愿望！”于是引颈就刑，颜色不变。时人都为之悲伤。
孔融的两个儿子被曹操抄斩。
曹操编制了一个“不孝”的罪名，把孔融满门抄斩。列举了四条罪责：一是做北海太守时。招募兵勇，形迹可疑；二是诽谤朝廷；三是不守礼仪，有违孔孟之道；四是哲学理论不正确。
孔融被关进监狱，知识界引起巨大震动，人心惶惶，但孔融的两个儿子很从容。当时这两个孩子还不满十岁，父亲被抓住的时候，他们仍然在院子里做游戏，丝毫不受影响。面对来抓捕的公人，孔融说：“希望我的罪行自己承担，不要连累孩子！”两个孩子却说：“父亲大人，鸟窝从树上掉下来，能有完整的鸟蛋吗？”说这话时，眼里满含泪水。果然，两个孩子很快也被关起来了。
孔融的名气实在太大，又是曹操亲自督办的案件，以至于孔融被处死后，竟然无人敢收尸。曹操死后，曹丕建立魏国，才为孔融平反，并追认其为一代宗师。
