首先，朱元璋是大明开国皇帝，是著名政治家。朱元璋在国家大事上的所作所为，都是基于政治考量。
第一个原因：朱标死了，打乱了朱元璋原本计划好的政治部署。
朱标是马皇后的长子，一路陪朱元璋打天下，创业艰难，生死相随。而且朱标本身德才兼备，贡献很大，所谓上阵父子兵，这份情谊非同一般。因此，朱元璋对朱标太子极其看重，一心要把天下传给他。也就有意识的允许和鼓励太子培植自己的武人集团。
谁都没想到，1392年5月17日，37岁的朱标，正当壮年时突然死了！这对朱元璋是一个巨大的打击，对太子的政治团队同样是一个巨大的打击！！这个本来前途看涨的团队，一下子失去了核心，失去了依靠，在他们眼中也就失去了政治前途——不管传位给其他哪个王子，他们都有自己的班底，即使被召用，其间心理落差也是不言自明的。
因此朱标太子的忠诚拥趸，因朱标的死而成了政治上的“闲人”。所谓人闲是非多，无事必生非。朱元璋原先谋划好的部署，完全被打乱了。朱元璋毕竟是政治家，尽管痛苦至极，也深知：这个整治隐患必须处理掉！
第二个原因：帮皇孙朱允炆清除执政障碍。
朱元璋实在是太喜欢朱标了，这种感情转移到朱标儿子，也就是皇孙朱允炆身上。因此，朱元璋决定隔代传位给皇孙朱允炆，而不是自己的其他儿子。
虽然说朱标的班底应该会支持朱标的儿子，但是，这些老班底都是打天下的功臣，各个战功显赫，飞扬跋扈惯了，自持功高、资格老，很可能不受小皇帝节制，形成权臣，架空朱允炆。朱元璋本就对相权过多钳制皇权极度不满，从而找借口废除了丞相，因此肯定不可能允许权臣再度出现。为了朱家江上，为了皇孙能够稳坐龙椅，这是第二个必须解决那个武人集团的理由。
第三个原因：朱元璋丧子之痛+嫉恶如仇激起杀心。
朱标的政治团队在丧失太子这个政治靠山后，就纷纷猜测朱元璋可能立谁为太子，于是私下勾连，谋求寻找下一个政治靠山。这种人走茶未凉便叛主的投机分子，令朱元璋极度厌恶。于是，丧子之痛转化成愤怒——朱元璋本身就特别嫉恶如仇，痛苦＋愤怒+道义，已经足够有理由开杀戒了。
与此形成鲜明对照的，是镇守云南的朱元璋义子沐英。沐英比朱标还年长，幼时被朱元璋收养为义子，取名为朱英，一直陪在朱元璋身边，见证了朱标的成长过程，并且与朱标关系非常好，感情非常深，原本也是朱标最铁杆最可靠的支持者。按理说，也应该跟朱标的其他拥趸一样被杀才是。但由于二人感情太深，沐英得知朱标突然死去，极度伤心，几度昏厥，令朱元璋都深为感动，于是不忍心下杀手。就命令他世世代代镇守云南边境，不许回京。这就是金庸小说中反清复明非常积极的沐王府。
