迪迦奥特曼剧场版共有两部，分别是《迪迦奥特曼：反击的大怪兽 怪兽王子的诞生》和《迪迦奥特曼VS哥斯拉 化身格斗机器！》。
第一部《迪迦奥特曼：反击的大怪兽 怪兽王子的诞生》讲述了某星球上的怪兽王子杰基尔和他的家族受到了邪恶组织“黑暗军团”的威胁，杰基尔因此前往地球寻求帮助。在地球上，杰基尔变成了巨大的怪兽，并开始袭击城市。这时，守护地球的迪迦奥特曼出现了，与杰基尔展开了激烈的战斗。最终，迪迦奥特曼与杰基尔合力击败了黑暗军团的首领，保卫了地球。
第二部《迪迦奥特曼VS哥斯拉 化身格斗机器！》则是迪迦奥特曼与哥斯拉的跨界合作。故事发生在未来的世界，人类为了保护地球，发明了能够将人类转化为巨大机器人的技术，并成立了拯救地球的特攻队。在这个世界中，哥斯拉是一个被拯救地球特攻队控制的机器巨兽，而迪迦奥特曼则是一位神秘的战士。当他们的宿敌“银河帝国”再次出现时，迪迦奥特曼和哥斯拉不得不联手对抗，保护地球的和平。在战斗中，两者都进行了强力的武器升级，最终他们一起打败了银河帝国，保护了地球不受威胁。
黑暗支配者已于两年前被消灭，此时露露耶遗址仍然漂浮在海上，TPC对此展开科考行动，无意间复活了古代三大黑暗巨人：希特拉，达拉姆，卡密拉（迪迦的恋人），同时还放出来黑暗魔鸟佐加。
于是迪迦（大古）和他们再次战斗并消灭了他们，遗迹也沉入水底。
