一，直接清水浸泡法。将北瓜种子用50度温清水烫种7个小时左右，捞出在20度的温水里清洗干净。然后，换25-28度清水继续浸泡16个小时左右捞出。
将浸泡好的种子用干净的纱布包好放置在28-30度的遮光黑暗处进行催芽，在催芽的过程中，每天分早晚两次，用30-32度的温水进行淋洗一遍，在淋洗的过程中，应进行翻动包好的种子，以便于种子受热均匀出芽齐，一般经过三天左右，就会有种子露出白芽，待到种子有70%至80%露出白色的胚根。就可进行播种，也有的为了得到一播全苗，将还没有露白的种子继续催芽。将已经露白的北瓜种子捡出，放于8-10度的温度下，暂缓一天播种。
二，高锰酸钾浸种法。有的北瓜种子上带有病菌，为了消除北瓜种子上的病菌，可采用温汤浸种后用药剂拌种，或者是用高锰酸钾进行浸种消毒后再催芽。方法是，将高锰酸钾配成0.2%的高锰酸钾溶液。高锰酸钾溶液必须是现配现用，高锰酸钾属于强氧化剂，随着高锰酸钾溶液时间放长，其杀菌效力逐渐减弱。因此，为了提高高锰酸钾的杀菌效果，不可配置过早。将北瓜种子先用温汤浸种，使用50度至55度的温水进行浸泡种子，在刚投入种子时，应进行不断的搅拌，让种子受热均匀。待水温降至30度左右时，可停止搅拌让种子继续浸泡6-8小时。将浸泡的种子搓洗干净捞出，投入到刚配好的0.2%的高锰酸钾溶液中进行杀菌处理。大约浸泡25-30分钟后捞出，然后将种子用30度左右的温清水进行冲洗，然后，将冲洗好的种子放于遮光，潮湿黑暗，保温，温度在28-30度的环境下进行催芽。
北瓜种子皮厚而硬，透水性差，因此种子发芽比较困难，种植时为苗全苗壮，应进行人工催芽育苗。北瓜种子催芽方法主要包括以下几步：
1.浸种：将种子用清水透洗干净，清水浸种12-16小时。
2.在种脐部位嗑一小口，便于种子发芽时吸水及胚根（人们通常说的芽）露出。注意，无论采取什么措施在种脐部位嗑小口，均不能伤及内部的种仁。
3．将种子用干净的湿润毛巾包裹，放在30℃左右的温度下催芽，2-3天后胚根便可露出。在未出芽之前，每天用清水将毛巾和种子透洗一遍，保持种子清洁。
4．发芽后的种子便可播种，因种子个体间出芽有先后的不一致性，有条件的可将先出芽的种子拣出用干净的湿毛巾包好放冰箱的冷藏室低温保存，等绝大多数种子出芽后一起播种。
