二者的主要区别如下:
第一、 植株不同:其中川紫苑的植株高20-50厘米,花蓝紫色,瘦果狭倒圆卵形;而紫苑的根状茎斜升,茎直立,高40-50厘米,粗壮,基部有纤维状枯叶残片且常有不定根,有棱及沟,被疏粗毛,有疏生的叶。基部叶在花期枯落,长圆状或椭圆状匙形,下半部渐狭成长柄。
第二、 分布区域不同:其中川紫苑生于山地林下或溪岸,海拔3300-3500米的地区,包括四川西部的理县、马尔康、卓斯甲等地;而紫苑则在国内主产于河北、内蒙和东北三省等地区,在国外朝鲜、日本等地亦有分布,通常生长于潮湿的河边地带。