主要区别如下：
第一、 醚菌酯和吡唑醚菌酯的化学分子式不一样：其中醚菌酯的化学式为C18H19NO4，而吡唑醚菌酯的化学分子式则是C19H18ClN3O4
第二、 醚菌酯和吡唑醚菌酯的上市时间不一样：其中醚菌酯上市在1996年，早于吡唑醚菌酯，而吡唑醚菌酯的上市时间是2001年。
第三、 醚菌酯和吡唑醚菌酯的外观不一样：其中醚菌酯是白色粉末结晶体，而吡唑醚菌酯白色至浅米色无味结晶体。
第四、吸收方式不同。嘧菌酯的渗透性和内吸性是比较强的，药剂可以从叶面正面快速渗透到叶片背面，并且可以在植株体内进行传导，具有正打反死的效果；而吡唑醚菌酯只能在局部渗透，扩散性较好，因此，喷药时必须均匀周到才能达到较好的防治效果。
第五、使用方法不同。由于嘧菌酯的内吸传导性比较好，所以能被根茎叶吸收，然后传递到植株的各个部位，进行杀灭病菌。醚菌酯不但能用于茎叶喷雾，还能用于拌种，灌根；吡唑醚菌酯没有内吸传导性，不能通过根系吸收传导，因此，吡唑醚菌酯只能用于茎叶喷雾。
第六、混配农药剂型不同。
由于嘧菌酯的渗透性太强，所以在混配时不能与乳油、有机硅和有机磷等渗透性强的药剂进行混用，会容易发生药害；而吡唑醚菌酯就能与所有剂型的药剂进行混配。
第七、安全性不同。
由于嘧菌酯的渗透性很强，所以在作物的敏感时期很容易就会产生药害；而吡唑醚菌酯的安全性相对较高。只有个别作物在敏感时期容易产生轻度药害。
