迪迦奥特曼《不败的勇者》是原班人马.在迪迦与加坦杰厄决战的两年之后，因为迪迦消失而急于补充战力的TPC官员制订了绝密的F计划。旨在探索迪迦与加坦杰厄的战场——露露耶的超古代遗迹以寻找新的巨人。但不幸的是，在探索过程中，3个在3000万年前被迪迦击败的三名邪恶巨人（卡蜜不败的勇者 拉、达拉姆和希特拉）复苏了，并且带领无数佐加攻击调查队（居间惠队长正在调查队中）。与此同时，幽怜借居间惠队长的身体出现并在露露耶部下了一个能维持100年的结界以保护人类。 而大古出现了很离奇的幻觉。先是梦见与丽娜的婚礼上所有的来宾都变成了卡蜜拉， 再是邪恶巨人和无数佐加前来摧毁城市，而自己却得到了一个黑色的神光棒，也只能变成黑暗迪迦。但回过神来，却又什么也没发生，甚至因为在幻觉中说出卡米拉的名字而引起丽娜的不满。（其实卡蜜拉是3000万年前黑暗迪迦的恋人） 当晚，大古为了了解黑暗迪迦的真相，就去了TPC的仓库寻找幽怜的时光机器，但时光机器在播放了一段黑暗迪迦与卡米拉、达拉姆和希特拉一起破坏世界的影象后就自毁了。 就在这时，卡米拉、达拉姆和希特拉出现了，在攻击大古之后卡米拉道出了真相。3000万年前，奥特曼在击倒了所有敌人之后，为了利益而开始了内战。4人在那时曾一同称霸了世界，而迪迦则在幽怜的劝说之下放弃了黑暗并获得了光的力量，而且最终击败了他原来的同伴。而现在卡蜜拉、达拉姆和希特拉被困在结界中，他们以居间慧队长来要挟大古重回黑暗，以便打破结界、重新称霸世界。 而大古为救居间队长，孤身前往露露耶。在露露耶大古又一次变成了黑暗迪迦，而且在变身时结界也被打破了，而且露露耶也爆发出了比加坦杰厄出现时更强的黑暗能量。GUTS的亚格迪斯号在佐加的攻击下逐渐不支，幸而未来的SUPER GUTS（相浩介、幸田、寿矢和公川良）前来支援才转危为安。而且，居间队长也依靠宗方指挥送给她的护身符拿到了掉在洞中的引爆器，消灭了所有的佐加。 迪迦也击败了达拉姆和希特拉重新得到了光的力量，被卡蜜拉打败，最后在觉醒的超古代战士的帮助下打败了卡蜜拉，而露露耶再一次沉入了海中。 大古和丽娜最终成婚，而且还去了火星。不过在踏上旅途之前，有一个人向大古脱帽行礼，那人竟是——飞鸟信！
2038年的一天，SUPER GUTS预备队员小翼（大古的儿子）在飞行训练时碰到怪兽，突然时空扭曲，回到了3000万年前。他被那时候的一个村里小孩阿姆伊救了。幽怜巫师感到有什么事要发生。果然，那只怪兽受了黑暗界魔神的控制，袭击村子。怪兽防卫队的人们开始对怪兽发动攻击（武器都是弓箭、木棒和大石头），小翼也帮忙。 在这关键时刻，一位女侠手持斩妖除魔剑，给了怪兽重重的一击。可效果不怎么样。小翼突然发现，女侠的布袋里有一个青铜神光棒，便拿了起来，说：“这怎么像妈妈所说的‘神光棒’啊！我应该有爸爸的遗传因子！”说完小翼举起青铜神光棒变成了迪迦奥特曼。没打多久，计时器闪起了红灯。迪迦拽住怪兽的尾巴，把怪兽抛了出去，怪兽逃走了，迪迦也消失了。原来，迪迦并没有被完全唤醒，因为小翼心中还有些犹豫不能完全抛开。 怪兽又来了！小翼试图抛开心中的犹豫，幽怜说：“如果真的按预言说的话，真正的光之继承者应该在村子里。刚才魔神一来，阿姆伊就有强烈的反应，应该是他不会错了。”而操纵怪兽的两个家伙，一个被迪格尔的光球打得粉碎，另外一个则是被玛荷罗巴在空中一剑劈得粉碎。而怪兽已经找到了藏着巨人石像的金字塔。 这时，黑暗界的魔神从天而降。小翼又变成了迪迦。站在黑暗魔神和怪兽的中间，迪迦先向黑暗魔神扑去，（哇噻！迪迦怎么那么小？迪迦只有魔神的肚子那么大。）被弹了回来，迪迦又向黑暗魔神一飞踢，被黑暗魔神一扇，飞了，一会儿，计时器还是亮了红灯。迪迦用最后的力气发出了哉佩利敖光线，先干掉怪兽，被黑暗魔神一脚踢飞就消失在了河谷中。 玛荷罗巴，龙，还有迪格尔都在寻找小翼，小翼被救到了河岸边，这时玛荷罗巴看见掉落在河里的青铜神光棒，在这危急时刻，已经苏醒的阿姆伊捡起青铜神光棒，变成了迪迦。果然，阿姆伊使迪迦完全苏醒了。迪迦先变成空中型，把魔神弄得团团转。又变成力量型，使出迪拉休姆光流，结果把黑暗魔神炸得粉碎。天空恢复了晴朗，阿姆伊自己也不敢相信自己成了英雄。这时，小翼说：“玛荷罗巴，我对你一点陌生的感觉也没有。”玛荷罗巴说：“我也一样。”小翼说：“你很像我的姐姐！”玛荷罗巴回答：“你可别乱说，我可会生气的！小翼就打开了吊坠型相册，里面是小翼和小光姐姐。玛荷罗巴回答：“难道你是我的子孙！”小翼回答道：“应该是吧。” 玛荷罗巴继续了她的旅行，而小翼也将要回到现实中去了。
