戈登·弗里曼博士参加了黑山基地空间传送的实验，但是过程中失败了，并把xen星生物给传送了过来，此时政府也让HECU陆战队出动到黑山基地毁尸灭迹，戈登就在这样的环境下，借助其他博士的帮助，在最后杀死了XEN星上的头目尼赫伦斯，因此也解放了弗地冈人，最后被神秘人GMAN所相中，被冷藏了起来，
经过多年的沉睡戈登醒来，来给GMAN效命了，世界已经不是以前的世界了，因为戈登解放了弗地冈人，联军开始注意到了地球，并且发动了七小时战役，至此地球沉沦了，布林也就是黑山基地负责人趁机巴结联军，因此成为了17号城市的代表，
戈登在过程中结识了爱莉克斯、巴尼、 克莱纳博士 伊莱等反抗军的头目，并且也开始帮助反抗军来对抗联军，在一次激烈的对抗中伊莱被抓走了，戈登和艾里克斯进入监狱前去营救并且成功发现了他，但是没想到朱迪斯居然背叛了，
最后朱迪斯带着伊莱用传送门去了城堡，而爱莉克斯和戈登为了逃命也进入了传送门，不过这次有点特别，因为出来的时候已经是1个星期以后了，全城市的反叛者因为戈登攻打监狱和应和开始反叛之路，最后布林想用传送门逃跑，但戈登及时的阻止了他，随后的是大爆炸和老朋友GMAN，
戈登的任务结束了GMAN即将再次冷冻戈登，但是我们丑陋的朋友再次出手相助，那就是弗地冈人，弗地冈人用强大的念力进入了GMAN锁定的空间救了爱莉克斯和戈登，后来他们知道17城市即将爆炸，如果不阻止，他们是不可能活着离开了，所以他们决定阻止爆炸，经过一番努力延缓了爆炸，不仅窃取了一些朱迪斯留给他们的资料并且在城堡里看到了一个东西，探员，最后掩护巴尼和平民离开后破坏了一台三角机甲，爱丽克斯和戈登也坐火车离开，从城堡发射出了很多胶囊舱，那是探员？
