秦九韶出身于官宦世家，因此自幼就得到了良好的教育。他的父亲秦季槱曾任四川巴中太守，因为当地军队哗变反叛，他父亲不得已带领全家逃难到南宋都城临安。后来他的父亲担任了工部郎中和秘书少监等官职，这两个官职大致上就是现在的国家级建筑设计负责人和国家图书馆管理员。和父亲一同来到京城的秦九韶是非常聪明的孩子，他跟着父亲到处去监工看图纸，孜孜不倦地学习着新的事物。有了他父亲的帮助，他有机会借阅到大量的古典书籍，并且能经常拜访通晓天文历法和建筑设计方面的人才。
可以说，除了秦九韶本人的勤奋好学之外，他父亲所担任的职务为他营造的学习环境也是他未来有所成就的重要条件。他之后又向精通数学的隐士陈元靓学习如何算数，不仅如此，他学习的内容涉猎甚广，包括了诗词歌赋，通晓音律，会看卦象和星象，会骑马射箭舞剑，连最流行的游戏蹴鞠也踢得非常棒，简直就是一个文武全才。
1225年，他随父亲前往四川，因为元军屡屡侵犯边界，秦九韶便不得不参军抵抗入侵。等到四川难以坚守的时候，他才随着流民东下，担任了和州守。许是因为逃亡期间吃了太多苦，他为了敛财就开始不择手段起来。在任职期间，他利用职务便利低价买入食盐，高价并强行卖给百姓，从中牟取暴利。后来定居湖州的时候，又给自己建了一座非常豪华的别院，还另起屋舍专门养一些歌姬，日子过得那叫一个奢靡。
1244年，因为母亲病逝他辞官守孝三年。在这一段时间里，他远离了官场纷争，躲去了战乱侵扰，专心致志地研究历法。结果他在分析的过程发现了一个问题，由于算术不够精准的缘故，年份越远误差越大。于是，他就想先研究好算术，以此为基础再来考虑历法。于是这三年时间，他写成了一部二十多万字的数学巨著《数学九章》。
