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1、出自春秋时秦由余之后
以祖名为氏。据《风俗通》所载，余姓为“由余之后，世居歙州，为新安大族，望出下邳、吴兴。”春秋时，秦国有个臣医叫由余，他的祖先是晋人，避乱于西戎。由余本来在西戎为官，后奉命出使秦国，见秦穆公贤德大度，就留在秦国为臣。他为穆公谋划征伐西戎，使秦国成为西方霸主。他的后代子孙以其名字为姓，有的姓由，称为由氏；有的姓余，称为余氏，由、余两姓同出一宗。
2、出自姒姓，
为夏禹小儿子姒罕，封姓为余氏。据《姓考》所载，相传夏禹之后有余氏。大禹生有三子，大儿子启，姓姒，小儿子叫罕，封姓为余，其后代相传为余氏。禹妻是绍兴涂山之女，禹封小儿子姓余，有纪念妻子之意。
3、出自赤狄族，
为隗氏五姓之后有余姓。据《国语》所载：“潞、洛、泉、余、满五姓，皆赤狄隗也。”
4、出自由他族和他姓改姓而来：
① 据《余氏总谱》载，云南镇雄县余姓，自称系铁木复姓所改，为元太祖成吉思汗（铁木真）的后代，出自铁穆氏宰相之家。有诗为证：“余本元朝宰相家，洪兵赶散入西……前传诗句词如此，后嗣相逢系本家”。相传铁穆宰相乃是忠臣，太祖听信谗言，要捉拿铁穆宰相的九子一婿。九子一婿星夜出城，逃至贵州，见太祖亲领追兵前来，就躲在凤锦桥下。追兵到来时，有人见桥下水波动荡，提出可疑，太祖未加细查，随口说：“江中有水，水中有鱼，何必大惊小怪，快快继续向前追赶。”铁穆氏十兄弟逃脱后，原想改铁穆氏为金氏，最后决定改为余氏。“余”比金字少一横，又是“水中有鱼”的鱼字的谐音，堪称一字双关。但此类余姓根据多名历史学家考证，实出自于西夏党项羌人，始祖为元末安庆守将余阙及同族之人。世居庐州（今安徽省合肥）后世避红军之乱逃入四川，清代又迁云南、贵州.其宗谱所载内容多与史实不符，冒认自诬其祖为元太祖铁木真，统称为铁改余氏。
② 僳僳族以鱼为图腾的挖饶时氏族，汉姓为余。
③ 羌族余约志房名，后改为余。
④ 四川、甘肃一带白马藏族之严茹氏，热则氏、陪茹氏等汉姓为余。
⑤ 锡伯族余木尔其氏汉姓为余。
⑥ 其他如苗、彝、布依、满、土家、白、保安、羌等民族均有此姓。
得姓始祖：由余。春秋时秦国的大夫，也作繇余。其祖先原为晋人，逃亡入西戎（古代西北少数民族的泛称）。初在西戎任职，后奉命出使秦国，见秦穆公贤德大度，便留秦国为相，很得穆公信任。时秦作为众多诸侯国之一，其地位并不显要。由余为上卿后，果然不出穆公所望，他助秦穆公谋划攻伐西戎之策，灭国十二，拓地千里，而称霸西戎，最后使秦穆公成为春秋五霸之一。由余因曾为秦国富强、统一天下奠定了坚实的基础，后人引以为荣，遂以其字为氏，尊其为余姓的得姓始祖。
5、成吉思汗之皇族后裔
1352 年白莲教起兵反元，历史上称“红巾起义”，要灭成吉思汗子孙夺天下，后将其打败，孛儿只斤氏（铁家）之孙逃走，因过大江之时有鱼相助，不甚感激，改其姓氏，为纪念鱼改谐音为“余”
